Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

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Tesis Doctoral en un portal web interactivo, así como también en ficheros de texto plano (.txt) y paquetes para utilizar con el programa estadístico R (Ihaka and Gentleman, 1996). En la figura 1.6 se presenta el flujo de las diferentes tareas a realizar en el desarrollo de un re-‐ mapeo completo y re-‐construcción de los datos contenidos en GATExplorer de principio a fin, indicando su dependencia secuencial temporal, así como su grado de paralelización. Este esquema sirve de flujo de trabajo para la actualización de GATExplorer. 22 Figura 1.6. Esquema de las diferentes tareas en el proceso de re-‐mapeo. Las flechas indican la dependencia que tienen en el tiempo y determinan el grado de paralelización. A continuación se detallan los distintos procesos o tareas específicas correspondientes a cada paso numerado en el flujo de trabajo. Paso previo Descripción: Descarga de ficheros de microarrays de la web de Affymetrix coninformacióndelas sondas. Por ejemplo: 15 ficheros de 15 microarrays en humano. Procesos Descripción Duración aprox. Recursos Descarga de ficheros de texto tabulados. (Human_Exon_1.0 525MB) (Human_Gene_1.0 82MB) Conexión a internet Paso 1 Descripción: Descarga de datos de Ensembl e instalación en la BBDD. Procesos Descripción Duración aprox. Recursos Descarga de datos del FTP de Ensembl (ftp.ensembl.org) ej. homo_sapiens_core_53_36o: -‐ Script de creación de BBDD MySQL: 6 horas Acceso a internet • 2.4GB comprimida, 11GB sin comprimir -‐ Fichero fasta cDNA (134MB) -‐ Fichero fasta DNA (3.5GB) -‐ Fichero fasta ncRNA (1.9MB) Descompresión de los datos. 30 minutos Proceso + acceso a disco HD Instalación de la BBDD en servidor. 2 horas Proceso + acceso a disco HD
Capítulo 1 Paso 2 Descripción: Asignación de sondas mapeadas por Ensembl a sus locus en función de sus coordenadas genómicas. Procesos Descripción Duración aprox. Recursos Sentencias SQL. 25 horas Proceso + acceso a disco HD Paso 3 Descripción: Obtención de secuencias de las sondas en función de su posición en el genoma y comparación. Procesos Descripción Duración aprox. Recursos Sentencias SQL. 10 horas Proceso + acceso a disco HD Proceso Java (Probesequencer): Recupera secuencias de contigs de la BBDD e identifica la zona de la sonda para obtener su secuencia. 8 horas Proceso + acceso a disco HD Proceso Java (ComplementaryStrand): Recupera secuencias de sondas de BBDD, realiza su inverso complementario y posteriormente inserta el resultado en BBDD. Es necesario para sondas de microarrays de exones (Human_Gene_1.0 y Human_Exon_1.0) 20 minutos Proceso + acceso a disco HD Paso 4 Descripción: BLAST sobre cDNA de todas las secuencias distintas de todos los microarrays. Una vez insertados en BBDD se seleccionan los que mapean sense y los antisense y se asignan a los arrays de expresión y de exones respectivamente. Posteriormente se identifican las sondas inter-‐exónicas ( (PosicionFinalPosicionInicial+1)>25 ) Procesos Descripción Duración aprox. Recursos Se concatenan los ficheros cDNA y ncRNA en uno solo fichero fasta (shell de Linux).
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