Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Tesis Doctoral
lo largo de todo el locus hace posible ir más allá de la simple medida de expresión del gen y
permite otro tipo de análisis nuevo, como el diseño de una estrategia de detección de splicing
alternativo. Además, frente a los modelos antiguos como el HG-­‐U133 Plus 2.0 que asignan 11
sondas (probes) por cada conjunto de sondas (probeset), los nuevos Human Exon asignan en
torno a 84 sondas por locus. Este considerable incremento en el número de sondas supone
una mejora sustancial en las medidas de expresión permitiendo análisis estadísticos más
robustos.
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Figura 1.7a. Representación de tres transcritos del gen PLCB3 . En rojo se representan la ubicación de las 11
sondas (probes) del conjunto de sondas (probeset) para este gen incluido en el array HG-­‐U133 (de tipo IVT
3’). Como puede verse, dichas sondas están concentradas en el extremo UTR 3’.
Figura 1.7b. Representación de los transcritos del gen PLCB3. En azul se representan la ubicación de las 84
sondas del array de exones Human Exon, ubicadas en todos los exones permitiendo la medición más precisa
de la expresión del gen a lo largo de todo el locus.
1.3.2. Análisis y estadísticas de los resultados del mapeo de sondas
Los resultados del mapeo se pueden resumir en la figura 1.8. Esta figura presenta en datos
estadísticos la ubicación de las sondas de los cuatro modelos más populares de microarrays de
expresión humanos. Este re-­‐mapeo se hizo utilizando datos de la versión 57 de Ensembl que
corresponde al ensamblaje GRCh37 (hg19) del genoma humano y de la versión de 2009 de
RNAdb. Se representa en verde la parte proporcional de sondas que mapean sobre mRNAs, en
azul la parte mapeada sobre ncRNAs y en rojo el número de sondas que no fue posible asignar
a ninguna entidad biomolecular conocida. Parte de estas sondas no asignadas puede explicarse
por la ubicación de las mismas en los arrays tipo IVT 3’, los cuales ubican muchas de sus sondas
las regiones 3’ de los genes cerca del extremo final del locus génico. Se ha observado que estas
regiones UTR se encuentran no bien definidas para muchos genes humanos (Muro et al.,
2008) y varían bastante entre las distintas versiones del genoma afectando al mapeo de ciertas
sondas. Respecto a los transcritos ncRNA se ha hecho distinción entre 3 grupos: (i) mapeo a
transcritos procedentes de Ensembl (que incluye algunos ncRNAs) (ii) mapeo a transcritos
procedentes de RNAdb y (iii) sondas ubicadas en intrones, que son consideradas como parte
posible de algún RNA ya que el diseño original de Affymetrix –sobre todo en los modelos IVT
3’– colocó sondas en algunos intrones basándose en alguna evidencia biológica quizás no
recogida en todas las bases de datos. Se puede apreciar que la proporción de sondas ubicadas