Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

presentes en el fichero.
Capítulo 1
Organismo Ensamblaje del Versión de Versión de Fecha de Versión de
genoma Ensembl RNAdb GATExplorer GATExplorer
Human GRCh37 (Sep.2009) v 57 (Mar.2010) 2009 1.Sep.2010 v 3.0
Mouse NCBIM37 (Apr.2007) v 57 (Mar.2010) 2009 1.Sep.2010 v 3.0
Rat RGSC3.4 (Dec.2006) v 57 (Mar.2010) -­‐ 1.Sep.2010 v 3.0
Human NCBI36 (Oct.2005) v 53 (Mar.2009) 2009 25.Jul.2009 v 2.0
Mouse NCBIM37 (Apr.2007) v 53 (Mar.2009) 2009 25.Jul.2009 v 2.0
Rat RGSC3.4 (Dec.2006) v 53 (Mar.2009) -­‐ 25.Jul.2009 v 2.0
Human NCBI36 (Oct.2005) v 50 (Jul.2008) -­‐ Oct.2008 v 1.0
Mouse NCBIM37 (Apr.2007) v 50 (Jul.2008) -­‐ Oct.2008 v 1.0
Rat RGSC3.4 (Dec.2006) v 50 (Jul.2008) -­‐ Oct.2008 v 1.0
Tabla 1.4. Histórico de versiones de ensamblaje, Ensembl y RNAdb de GATExplorer.
Para el mapeo sobre ncRNA son necesarios los archivos con las secuencias que se obtuvieron
de otra base de datos específica para RNAs no codificantes: RNAdb (A database of mammalian
noncoding RNAs); construida por el grupo australiano dirigido por el Profesor John Mattick
(Pang et al., 2007). Toda la información detallada y secuencias de ncRNAs fueron descargada
de la web del grupo indicado (http://research.imb.uq.edu.au) en formato FASTA. Cada
entrada de estos ficheros se corresponde con un identificador del transcrito. Al no disponer de
datos para la especie Rattus Norvegicus solamente se descargaron los ficheros para humano y
ratón.
Por último, GATExplorer también incorpora e integra datos de expresión obtenidos a partir de
ciertos conjuntos de datos de microarrays de las tres especies que se incluyen en la web. Para
el caso de humano que se utilizó el set de microarrays GeneAtlas (GEO ID GSE1133) (Su et al.,
2004). Estos microarrays fueron normalizados a nivel de sonda y almacenados en base de
datos. La aplicación web recupera las sondas ubicadas en cada gen buscado por el usuario en
tiempo real y presenta un perfil de expresión a lo largo de varios tejidos.
1.2.2. Utilización de la arquitectura LAMP (Linux-­‐Apache-­‐MySQL-­‐PHP)
para la construcción de una plataforma bioinformática
Durante todo el desarrollo de GATExplorer, tanto en el entorno de desarrollo de los diferentes
programas creados y utilizados, como en el entorno de pruebas y en el servidor de producción
que aloja la versión final de la aplicación web, se ha utilizado la arquitectura LAMP. LAMP
corresponde a la siglas de Linux, Apache, MySQL y PHP: herramientas informáticas de código
abierto que por ser gratuitas, por su extendido uso y por permitir un alto nivel de
programación son muy adecuadas para un proyecto de estas características.
Linux es el sistema operativo que controla las máquinas, Apache es el servidor de aplicaciones
que proporcionará acceso remoto a la aplicación web (http://httpd.apache.org/), MySQL es el
sistema gestor de base de datos (http://www.mysql.com/) y PHP es el lenguaje de
programación en el que está implementada la aplicación web y que ejecuta las distintas
instrucciones que la componen (http://www.php.net/).
Además de las herramientas indicadas, GATExplorer incluye un módulo llamado Ming que
permite crear, mediante código ActionScript, herramientas Flash integradas en la aplicación
web, suministrándole un considerable aumento de dinamismo e interactividad en su relación
con el usuario final.
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