Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Capítulo 1
(cromosoma, locus, exones, transcritos y dominio de proteínas) con la correspondiente
información del mapeo de sondas (ver figura 1.13). Antes de estos visores, en primer lugar, se
muestra una caja con el nombre y descripción del gen, que proporciona también enlaces
específicos para dicho gen a las bases de datos biomoleculares Ensembl y Protein Atlas
(http://www.proteinatlas.org/) (Uhlen, 2005; Uhlen et al., 2010), así como la posibilidad de
guardar la búsqueda actual mediante un botón para marcar el gen (Bookmark GENE), que da la
posibilidad de volver nuevamente al gen seleccionado en cualquier momento de la
navegación. También muestra un enlace a otra ventana donde se muestran todas las
secuencias (Show SEQUENCES) de nucleótidos para los transcritos (cDNAs) del gen, así como
las correspondientes secuencias de aminoácidos de las proteínas (para todas las isoformas del
gen). En el siguiente apartado, Chromosomal global view, se muestra una imagen del
cromosoma correspondiente a ese gen indicando su ubicación exacta en el cromosoma a
través de una línea roja que lo marca. En la sección Chromosomal regional view se muestra el
gen seleccionado (en el ejemplo STAT5A) en su contexto genómico mostrando también los
genes vecinos. En el siguiente visor que presenta la aplicación se muestra el locus y su
estructura de transcritos conocidos (ver figura 1.14).
Figura 1.14. Ventana de GATExplorer que muestra la estructura de transcritos del locus del gen STAT5A.
En la parte superior existe un menú con los nombres distintos modelos de microarrays de
expresión de Affymetrix que, una vez activados, mostrarán sus sondas en los lugares del locus
donde estén ubicadas. También existe la posibilidad de hacer zoom y moverse a lo largo del
locus identificando cada exón o sonda posicionando el cursor sobre cada uno de los
elementos. De esta manera el investigador puede saber en qué zona del gen están ubicadas
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