Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

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Tesis Doctoral 14 locus del genoma, o la modificación de su posición o tamaño (por ejemplo por modificación de las regiones UTR génicas). Esto pueda dejar fuera algún probeset descubriendo que realmente no está diseñado para detectar ninguna región codificante y por ello sería incapaz de detectar señal transcriptómica alguna. Un ejemplo de ambigüedad está representado en el transcript cluster 7918813 del microarray WT Human Gene, el cual tiene como genes asociados NRAS y CSDE1 indicando que detecta la señal de esos dos genes siendo imposible distinguir la aportación de cada uno de ellos. Este transcript cluster tiene 33 sondas (ver tabla 3) de las cuales algunas pueden ser asignadas a NRAS y otras a CSD1 (ver figura 1.2). Figura 1.2. El transcript cluster 7918813 del microarray WT Human Gene de Affymetrix tiene sondas ubicadas en dos genes diferentes: NRAS y CSD1. Esto muestra que la estructura rígida de agrupación de sondas de Affymetrix, implica utilizar en todos los casos el conjunto completo de sondas que constituye un probeset, anotando todas ellas de la misma manera. Como solución, en este trabajo, se opta por romper las entidades originales de Affymetrix tratando a cada sonda de forma independiente en un primer momento, realizando un remapeo completo a nivel de sonda (probes level remapping) agrupándolas después en base a entidades biológicas conocidas en el momento, en lugar de en base a los probesets originales. Sonda Sonda X Sonda Y Ubicación genómica tcacgtttgcggtttggttctctgt 524 885 chr1:115250366-‐115250390 (-‐) ctggggtggcagaggtgtgtttgtg 472 348 chr1:115250423-‐115250447 (-‐) taacagggagtaacaagaggtgcat 495 510 chr1:115250474-‐115250498 (-‐) tctggtcagacagccaagtgaggag 999 406 chr1:115250501-‐115250525 (-‐) ttgtactaaactactgagagctggg 59 1044 chr1:115250560-‐115250584 (-‐) cttgaaagtggctcttttctgacaa 912 613 chr1:115250775-‐115250799 (-‐) ttgaaagtggctcttttctgacaaa 1037 747 chr1:115250776-‐115250800 (-‐) aagtggctcttttctgacaaaactt 199 673 chr1:115250780-‐115250804 (-‐) tgagttttttcattcggtactggcg 205 1030 chr1:115251212-‐115251236 (-‐) ggtactggcgtatttctcttaccag 479 864 chr1:115251227-‐115251251 (-‐) ggcgtatttctcttaccagtgtgta 824 96 chr1:115251233-‐115251257 (-‐) gaatggaatcccgtaactcttggcc 729 291 chr1:115252217-‐115252241 (-‐) tgtccttgttggcaaatcacacttg 570 938 chr1:115252268-‐115252292 (-‐) tagcaccataggtacatcatccgag 336 779 chr1:115252301-‐115252325 (-‐) tgtagaggttaatatccgcaaatga 150 869 chr1:115256422-‐115256446 (-‐)
caaatgacttgctattattgatggc 225 694 chr1:115256440-‐115256464 (-‐) cttcgcctgtcctcatgtattggtc 663 324 chr1:115256482-‐115256506 (-‐) gggatcatattcatctacaaagtgg 905 931 chr1:115258680-‐115258704 (-‐) gctggattgtcagtgcgcttttccc 495 16 chr1:115258715-‐115258739 (-‐) tgtcagtgcgcttttcccaacacca 162 668 chr1:115258722-‐115258746 (-‐) tgcctctgctttggacagatttagg 576 902 chr1:115259291-‐115259315 (-‐) cagatttaggaccacagccgggaaa 810 583 chr1:115259306-‐115259330 (-‐) gaccacagccgggaaaaatgttgga 410 121 chr1:115259315-‐115259339 (-‐) ggccccgcccgctacgtaatcagtc 700 152 chr1:115259387-‐115259411 (-‐) gctacgtaatcagtcggcgccccag 935 274 chr1:115259397-‐115259421 (-‐) ggcctccgaaccacgagtcatgcgg 79 480 chr1:115259450-‐115259474 (-‐) ctcccacacgggacgtttcaataat 399 941 chr1:115259497-‐115259521 (-‐) cacgggacgtttcaataatgaaagc 177 413 chr1:115259503-‐115259527 (-‐) tttcaataatgaaagcgctaggtgc 599 150 chr1:115259512-‐115259536 (-‐) gcttccattctttcgccattaacag 298 839 chr1:115259568-‐115259592 (-‐) gagatcaaaacctcaaacgacaagg 838 946 chr1:115259651-‐115259675 (-‐) tttacaggacacagtaaccaggcgg 833 583 chr1:115259862-‐115259886 (-‐) aagaaaccgggtcctagaagctgca 393 259 chr1:115259963-‐115259987 (-‐) Tabla 1.3. Transcript cluster 7918813 del microarray WT Human Gene. 1.1.4. Partes del trabajo desarrollado en este capítulo Capítulo 1 Según lo descrito en la introducción presentamos a continuación las partes del trabajo que se ha realizado en este capítulo de la Tesis Doctoral: 1. Re-‐mapeo de todas las sondas de los distintos modelos de microarrays de expresión de Affymetrix en base al último conocimiento biológico existente en la base de datos de Ensembl. Los organismos elegidos son: humano (Homo sapiens), ratón (Mus musculus) y rata (Rattus norvegicus). El resultado es almacenado en base de datos y exportado posteriormente en forma de paquetes del programa estadístico R para su utilización. 2. Implementación de un portal web cuyo propósito es la interacción con el usuario de forma visual e interactiva en el que se integrará un navegador genómico (con datos de genomas, cromosomas, genes y demás entidades génicas) y transcriptómico (con datos de expresión y de mapeos) y en el que se incluirá un repositorio con distintos ficheros de anotación y con mapeos completos listos para ser descargados. El resultado final es una aplicación bioinformática llamada GATExplorer (Genomic and Transcriptomic Explorer) accesible desde la dirección: http://bioinfow.dep.usal.es/xgate. 15
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