Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

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Tesis Doctoral cada locus génico y cada región a lo largo de cada uno de los cromosomas. Es decir, se trata de un crear un navegador genómico que integre también datos transcriptómicos y permita visualizar ambos tipos de información de forma coherente. Para lograrlo cada locus presenta las sondas de oligonucleótidos en su lugar correspondiente, siendo por ello necesario un cambio de coordenadas de cDNA a coordenadas genómicas. Para realizar el cambio de coordenadas de cDNA a DNA genómico, se utilizó la información de Ensembl en donde se almacena la estructura y posición de cada uno de los locus, transcritos y exones que conforman un organismo. Localizando en esta base de datos cada uno de los transcritos (ENST…), es posible ubicar cada sonda en su posición absoluta dentro del cromosoma. La figura 1.4 muestra el alineamiento de 2 sondas pertenecientes a 2 probesets del array HG-‐U133A de Affymetrix sobre el transcrito "ENST00000345358". Los distintos exones de este transcrito se representan alternando los colores gris y rojo. La sonda ubicada en las coordenadas (x,y: 640,75) pertenece al probeset "21833_s_at" y se encuentra completamente dentro de un exón, siendo posible su alineamiento tanto en cDNA como en DNA genómico. La sonda (132,51) perteneciente al probeset "208478_s_at" se encuentra entre 2 exones por lo que es posible su alineamiento completo sobre cDNA pero no sobre DNA genómico. La transformación de cambio de coordenadas de cDNA a DNA genómico permite tener en cuenta la posición de cada exón en el cromosoma. De esta manera una determinada sonda queda asignada a un exón (o dos), un transcrito y un gen. 20 Figura 1.4. Alineamiento de dos sondas pertenecientes a dos probesets del modelo de microarray HG-‐ U133A de Affymetrix sobre el transcrito ENST00000345358. Se muestra las diferencias entre el alineamiento sobre cDNA y el alineamiento sobre DNA genómico. En la figura 1.5 se presenta de modo gráfico un diagrama de flujo (pipeline) de los procesos y pasos que se han dado para la construcción de la plataforma bioinformática GATExplorer, indicando las principales fuentes y bases de datos que se integran (cDNAs, mRNAs y ncRNAs; microarrays; expresión; genomas) así como los principales métodos necesarios para el re-‐ mapeo de todas las sondas de arrays de Affymetrix a RNAs (mRNAs y ncRNAs), la ubicación de genes y expresión a escala global en el genoma, y el cálculo de expresión para una batería de datos de distintos tejidos. También se indican los archivos outputs que la plataforma produce.
Capítulo 1 Figura 1.5. Representación esquemática del flujo de trabajo y procesos que se integran en GATExplorer, indicando las bases de datos y métodos utilizados en su construcción, así como los principales tipos de datos que se producen (output files). En resumen, como se ha indicado, las bases de datos externas utilizadas son: Ensembl, RNAdb, Affymetrix y GeneAtlas. El algoritmo BLASTN se utilizó para alinear las secuencias de 25 nucleótidos de cada sonda de los principales microarrays de expresión de Affymetrix de humano, ratón y rata, permitiendo únicamente alineamientos perfectos de longitud 25. Las librerías de búsqueda para RNAs codificantes de proteína (mRNA) proceden de Ensembl, mientras que para las secuencias de RNA no codificantes de proteína (ncRNA) se utilizó RNAdb. Tras el mapeo inicial, las sondas se ubicaron en contexto genómico realizando un cambio de coordenadas de cDNA a DNA genómico utilizando Ensembl. Los resultados son proporcionados 21
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