Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Tesis Doctoral
1.3.8. Análisis comparativo de GATExplorer con el mapeo original de
Affymetrix y con otras plataformas de mapeo alternativo
Hay otros estudios bioinformáticos que han abordado la realización de un mapeo alternativo
para los microarrays de Affymetrix (ver tabla 1.9). Algunas de estas aproximaciones están
limitadas a sólo algunos de los modelos de microarrays no incluyendo la mayoría los modelos
nuevos tipo WT. Además ninguno de ellos aplica al re-­‐mapeo a regiones intrónicas o
transcritos ncRNA para extender la cobertura de los microarrays más allá del mRNA. Tampoco
ninguno de estos métodos ofrece un servidor web donde las sondas puedan ser encontradas
de forma interactiva integrando los datos del mapeo con su ubicación en el genoma. En esta
sección hemos comparado el trabajo realizado en GATExplorer con otras 4 publicaciones:
(Gautier et al., 2004), (Harbig et al., 2005), (Dai et al., 2005) y (Liu et al., 2007).
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Tabla 1.9. Análisis comparativo de GATExplorer con otras publicaciones relacionadas.
La tabla 1.9 muestra una comparativa de estas publicaciones comparándola con GATExplorer a
través de una serie de características que hemos considerado interesantes tanto por la
información que aportan al investigador, como la facilidad de uso de la misma. El primer
trabajo publicado de re-­‐mapeo de sondas de los microarrays de Affymetrix de acuerdo con la
versión actualizada de los genes humanos fue llevado a cabo por Gautier y colaboradores
(Gautier et al., 2004). A partir de este trabajo, fueron varios los autores que proporcionaron su
propio re-­‐mapeo incluyendo diferentes maneras de ofrecer los resultados al investigador. En el
año 2005 el grupo de Dai (Dai et al., 2005) desarrolló el que probablemente sea el trabajo más