Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Tesis Doctoral
muestras (ver figura 2.2). No obstante 2 muestras 13q-­‐H y 3 muestras 13q-­‐L presentaron
influencia negativa contraria a la influencia general, indicando que tienen un comportamiento
no equivalente a las otras muestras, por lo que fueron descartadas para el análisis posterior.
También, en la serie de validación tuvo que ser descartada una muestra del tipo CLL-­‐nk por
descubrirse que tenía otras alteraciones cromosómicas y no cumplía los criterios de FISH
normal a los que previamente se había asociado. Con estos recortes la serie de validación
quedó con el siguiente número de muestras: CLL 13q-­‐H (n=7-­‐2=5); CLL 13q-­‐L (n=11-­‐3=8); CLL-­‐
nk (n=9-­‐1=8); células sanas controles (n=5).
Para confirmar estos resultados se realizó un último análisis de clasificación no supervisado
sobre el grupo de validación. Debido a la pureza superior de las células aisladas CD19+ que son
utilizadas en este grupo de validación, esta vez se observó que sí era posible realizar
comparaciones entre categorías a nivel ómico (i.e. transcriptómico) de una forma no
supervisada. En este caso se optó por un nuevo análisis de componentes principales (PCA) para
medir las distancias entre las categorías CLL 13q-­‐H y 13q-­‐L, añadiendo además CLL-­‐nk y
muestras sanas control para dar más perspectiva a las diferencias entre los 2 tipos de 13q-­‐
estudiados. Después de procesar la matriz globales de expresión según lo descrito en la
sección de "Materiales y métodos", 28806 genes fueron utilizados para el cálculo de
componentes principales (es decir, se usaron todos los genes detectados por el array Human
Exon 1.0). El resultado de este análisis fue representado en tres dimensiones acorde con las 3
componentes de mayor peso, que acumulaban una proporción de la varianza de 48,3%, 60,9%
y 68,3% respectivamente (ver figura 2.3). Esto quiere decir que, la representación en un
espacio tridimensional de estas muestras, refleja una alta proporción de la varianza contenida
en la matriz de expresión original que tiene una dimensionalidad mucho mayor, siendo por lo
tanto un análisis adecuado para estudiar visualmente las diferencias entre categorías. En la
figura 2.3 se escalaron los ejes X, Y y Z en función al peso de las componentes principales 1, 2 y
3, de manera que dichos ejes muestran diferencias en su longitud. El eje X correspondiente a la
componente principal de mayor peso (PC1), separa las muestras procedentes de donantes
sanos de los pacientes enfermos. El eje Y, correspondiente a la componente principal número
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Figura 2.2. Global Test sobre muestras CLL 13q-­‐H y CLL 13q-­‐L del grupo de
validación utilizando un grupo de genes diferencialmente expresados entre
ambas categorías en el grupo de estudio (p-­‐valor=0,0935).