Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

2.3.2. Análisis de muestras de Mieloma Múltiple..............................................................................56
2.4. DISCUSIÓN Y POSIBLE TRABAJO FUTURO....................................................................................................57
CAPÍTULO 3. Diseño, construcción y validación de un algoritmo para detección de splicing
alternativo ....................................................................................................................................... 59
3.1. INTRODUCCIÓN ...................................................................................................................................59
3.1.1 Splicing alternativo: papel biológico e implicaciones en cáncer ...............................................59
3.1.2 Técnicas de detección de splicing alternativo...........................................................................60
3.2. MATERIALES Y MÉTODOS.......................................................................................................................61
3.2.1 Datos de expresión de exones y datos de validación de splicing ..............................................61
3.2.2 Descripción de algoritmos y métodos para análisis de splicing previamente publicados.........62
3.2.3 El efecto sonda y su papel en los microarrays de exones .........................................................64
3.2.3 Un nuevo método de análisis de splicing: Exon Splicing using Linear Modeling (ESLiM)..........68
3.2.4 Cálculo robusto de la expresión del gen ...................................................................................70
3.2.5 Minimización de falsos positivos producidos por el efecto sonda ............................................71
3.2.6 Detección de cambios específicos debidos a splicing................................................................72
3.3. RESULTADOS.......................................................................................................................................73
3.3.1 Implementación del algoritmo ESLiM.......................................................................................73
3.3.2 Comparativa de ESLiMt y ESLiMc con otros algoritmos para la búsqueda de splicing
previamente publicados ....................................................................................................................74
3.4. DISCUSIÓN Y POSIBLE TRABAJO FUTURO....................................................................................................81
CAPÍTULO 4. Análisis de coexpresión de genes y estudio evolutivo de genes específicos de
tejido y genes housekeeping en tejidos humanos sanos y en cáncer ........................................ 83
4.1. INTRODUCCIÓN ...................................................................................................................................83
4.1.1. Genes específicos de tejido (TSG) y genes housekeeping (HKG) ..............................................84
4.1.2. Conservación y evolución de los genes ....................................................................................84
4.1.3. Conservación y evolución en los genes alterados en cáncer....................................................84
4.2. MATERIALES Y MÉTODOS.......................................................................................................................85
4.2.1. Conjunto de datos seleccionado para perfiles de expresión ....................................................85
4.2.2. Métodos de normalización de muestras y medidas de correlación entre genes .....................86
4.2.3. Identificación de genes housekeeping (HKG)...........................................................................87
4.2.4. Identificación de genes específicos de tejido (TSG)..................................................................89
4.2.5. Método de análisis de la conservación de los genes ...............................................................91
4.2.6. Sets de muestras de cáncer e identificación de genes alterados.............................................93
4.3. RESULTADOS.......................................................................................................................................93
4.3.1 Red de coexpresión entre genes humanos ...............................................................................93
4.3.2 Diferencias evolutivas entre HKG y TSG....................................................................................96
4.3.3 Diferencias evolutivas en genes desregulados en cáncer .........................................................98
4.4. DISCUSIÓN Y POSIBLE TRABAJO FUTURO..................................................................................................101
CONCLUSIONES GENERALES............................................................................................................. 103
REFERENCIAS ................................................................................................................................... 105
APENDICE ........................................................................................................................................ 115