Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Figura 1.9a. Distribución del número de
sondas mapeadas a un número de genes
único (1, exclusivas) o a varios genes
(>1, ambiguas) para los microarrays HG-­‐
U133A y Human Gene 1.0.
1.3.5. Expresión de transcritos no codificantes de proteína (ncRNAs)
Capítulo 1
Figura 1.9b. Distribución del número
de genes que son mapeados por un
número concreto de sondas (11, 22,
etc) para los microarrays HG-­‐U133A y
Human Gene 1.0.
Una vez realizado el mapeo sobre ncRNA, cabe preguntarse si estas sondas situadas
exclusivamente en regiones no codificantes de proteína muestran perfiles similares a las
sondas que detectan genes codificantes. Según algunos estudios recientes los transcritos no
codificantes muestran una expresión variable y regulada a través de distintos tejidos, lo que
implica que son partes funcionales de la célula (Mercer et al., 2009; Nakaya et al., 2007).
Para comprobar si las sondas de los microarrays pueden detectar realmente cambios en los
transcritos no codificantes, se utilizó un set de datos de 353 microarrays de expresión en
tejidos humanos (GEO ID GSE3526) (Roth et al., 2006), de los que se seleccionaron 15
tomando 3 réplicas de 5 tejidos de regiones corporales y fisiología muy diferente: hipotálamo
(tejido nervioso central), corazón (tejido muscular cardiaco), médula ósea (tejido fuente de la
hematopoyesis), hígado y bazo (órganos con funciones específicas). Como prueba inicial, se
comprobó si la expresión de las sondas que detectan los genes de Ensembl, entre los que se
incluyen también algunos genes no codificantes, agrupaba las réplicas biológicas
correctamente en un test de agrupamiento (clustering) no supervisado. La figura 1.10a
muestra cómo se agrupan de tres en tres las distintas muestras en función de su tipo biológico,
indicando su semejanza en cuanto a expresión génica. Posteriormente se procedió de la misma
manera pero utilizando únicamente las sondas ubicadas en transcritos procedentes de la base
de datos RNAdb. El resultado (figura 10b) muestra que estas sondas también son capaces de
agrupar correctamente los distintos tejidos, aunque de una forma no tan fuerte como en el
caso anterior. Las figuras 10c y 10d muestran un resultado similar utilizando solo las sondas
ubicadas en intrones y ubicadas en la hebra complementaria de genes respectivamente. A
pesar de que las sondas intrónicas y las sondas complementarias de genes utilizadas en este
test no han podido asignarse a ninguna entidad transcripcional conocida, muestran una
regulación específica entre diferentes tejidos, con lo que puede inferirse que estas sondas
están detectando señales biológicas y que realmente esas regiones del genoma tienen una
función aún por determinar.
31