Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Capítulo 1
adaptación para los microarrays de expresión de Affymetrix mediante el agrupamiento las
sondas en base a las nuevas entidades transcripcionales conocidas, incorporando de forma
novedosa en estos análisis la posibilidad de medir expresión de ncRNA. Una posterior
eliminación de sondas que presentan hibridación cruzada, aseguran además, minimizar el
ruido y mejorar la señal a la hora de calcular la expresión de los genes.
La segunda parte del trabajo es el desarrollo de una plataforma web interactiva que sirva
como instrumento de visualización, información y descarga de archivos, ofreciendo toda la
información del re-­‐mapeo al investigador. Esta plataforma incluye un navegador genómico en
el que se pueden buscar los genes de interés, integrando el mapeo de sondas tanto mediante
su ubicación en la región del locus génico correspondiente, como mediante su listado en
tablas. Además, la herramienta desarrollada ofrece toda la información lista para descargarse
en distintos ficheros lo cual hace factible la incorporación de este conocimiento a los análisis
de microarrays de expresión.
Como trabajo futuro se determina la necesidad de realizar actualizaciones periódicas de la
base de datos de GATExplorer, ya que el conocimiento de la biología molecular avanza deprisa
y adaptar a esos cambios los análisis genómicos de expresión de escala global (genome-­‐wide)
es la base científica de este trabajo.
Otro ámbito interesante en el que podría seguir desarrollándose la investigación en el futuro,
es el del análisis de expresión de ncRNAs. La expresión de estos tipos de genes no codificantes
de proteína no han sido muy estudiados hasta la fecha debido al reciente descubrimiento de
muchos de ellos. Los paquetes ncRNA-­‐Mapper, desarrollados en GATExplorer, permiten la
medición de la expresión de algunos de ellos en gran cantidad de muestras almacenadas en
repositorios públicos, lo cual podría ser utilizado para tratar de descubrir funcionalidad de
algunos de estos transcritos en tejidos sanos y su papel en enfermedades como el cáncer.
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