Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Capítulo 1
A la hora de escribir el código fuente de todos estos procesos hemos utilizado un entorno de
desarrollo integrado IDE (Integrated Development Environment). Este tipo de herramientas
ayuda al desarrollador a la edición del código mediante el resaltado de la sintaxis, generación
automática de código, ayudas contextuales y facilidades para el trabajo en grupo. También
ayuda en las tareas de compilación, depuración y empaquetamiento de aplicaciones. El
entorno de desarrollo elegido para este proyecto fue Eclipse. Este programa es de código
abierto y está accesible desde la dirección http://www.eclipse.org/. Eclipse es un programa
muy versátil que cuenta, gracias a una comunidad grande de usuarios y desarrolladores, con
multitud de plugins o extensiones que implementan distintas funcionalidades. Para este
proyecto se utilizaron dos configuraciones distintas de Eclipse, una para los programas PHP, y
otra para los programas Java.
1.3. Resultados
1.3.1. Mapeo completo de sondas de expresión a loci génicos
El resultado del re-­‐mapeo ubica las sondas de oligonucleótidos de todos los microarrays de
expresión en diferentes regiones de los loci génicos del genoma humano, de ratón y de rata.
Estas regiones en los loci de los genes codificantes de proteína pueden ser: UTR-­‐5’ inicial, UTR-­‐
3’ final, exones codificantes de proteína, regiones inter-­‐exónicas y regiones intrónicas no
codificantes. El mapeo sobre genes no codificantes de proteína es muy similar, con la única
diferencia de que ninguno de sus exones será finalmente traducido a proteína.
El mapeo de secuencias es específico a cada una de las dos hebras del DNA (la hebra directa o
la hebra complementaria), como lo es la localización de cada locus génico concreto. Sin
embargo, nuestro mapeo también ha detectado un gran número de sondas ubicadas en la
hebra complementaria de genes diana. Esto puede indicar errores o falta de conocimiento en
la información genómica de referencia que da Ensembl tomada como fuente por Affymetrix a
la hora de diseñar sus chips y asignarlos a genes concretos. También hay un gran número de
sondas que no han podido alinearse sobre ninguna entidad transcripcional conocida hasta la
fecha: ni mRNAs, ni ncRNAs. Estas sondas no asignadas pueden deberse a errores en el diseño
original como sondas de expresión o, más probablemente, a cambios en las secuencias de
referencia de los genes y regiones génicas, o a secuencias detectadas por expresión (ESTs) que
se creían funcionales pero luego no han sido consideradas relevantes y no han sido incluídas y
anotadas en las bases de datos de genomas completos.
Respecto al mapeo de sondas, la diferencia entre la ubicación de las sondas entre los dos tipos
de microarrays de Affymetrix es muy grande. En la figura 1.7 puede verse la diferencia entre el
modelo HG-­‐U133 Plus 2.0 (array de tipo: IVT 3’) y el modelo de exones Human Exon 1.0 (array
de tipo: Whole Transcript) sobre el gen PLCB3 (phospholipase C, beta 3). La tecnología de
marcaje e hibridación molecular proporcionada por Affymetrix, hacía necesario que los arrays
tipo IVT 3’ –que son los más antiguos– concentrasen sus sondas en la región UTR 3’ del locus
génico diana, buscando el máximo aprovechamiento de las distintas amplificaciones del RNA.
Sin embargo, los nuevos arrays tipo Whole Transcript distribuyen sus sondas a lo largo de todo
el locus génico diana, con objeto de lograr mapear todos o casi todos los exones. Esto es
posible gracias a que utilizan la tecnología de Random Primer Labeling en el procesado,
marcaje e hibridación molecular proporcionado por Affymetrix. La incorporación de sondas a
25