Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Capítulo 1
figura 1.16). Además de todo esto, se proporcionan distintas tablas con el listado completo de
las sondas mapeadas en el gen desglosadas por modelo de microarray e identificador de
probeset (ver figura 1.17). Cada una de las filas de las tablas contiene la información de una
sola sonda, incluyendo su posición X e Y en la matriz del microarray, la secuencia del oligo y el
contenido GC (%). Además se detalla el número de genes y de transcritos detectados por la
sonda, proporcionando un link al listado de genes o transcritos si el número es mayor que uno,
es decir, son ambiguos a nivel de gen o de transcrito. En base a estos números, se ha
construido un código con los colores verde, amarillo, rojo y negro. El color verde indica sonda
específica (número=1) a nivel de genes y transcritos, el color amarillo especificidad a nivel de
genes y ambigüedad (número >1) a nivel de transcritos, el color rojo ambigüedad a nivel de
genes y por lo tanto de transcritos y, finalmente, el color negro indica que la sonda se ubica
únicamente en intrones, ya sea en uno o varios genes. En el caso de los arrays de exones el
código de colores está en función de su ambigüedad a nivel de exones en lugar de genes y
transcritos.
Figura 17. Tabla de sondas proporcionada en GATExplorer indicando donde mapea cada una de las sondas
de oligonucleótidos de cada microarray así como su posición en el array, su secuencia y su contenido en GC
Para que esta información sea útil a la hora de combinarla con otros datos del investigador,
GATExplorer ofrece la posibilidad de descargar toda la información presente en la aplicación
mediante ficheros de texto: el listado de las sondas, las sondas específicas a nivel de transcrito
y a nivel de exón o los valores de expresión para el set de datos de GeneAtlas. GATExplorer
también facilita los mapeos completos (todos los genes) para cada microarray a través del
menú PROBE MAPPING. Este link abrirá un pequeño portal con varias opciones en un menú
lateral ofreciendo los mapeos en dos formatos, ficheros de texto o paquetes de R. Además
ofrece unos ficheros de anotación para asociar cada identificador de Ensembl con toda la
información del gen (nombre, descripción, localización en el genoma, etc). También incluye
una sección de estadísticas, una comparativa con otras aplicaciones similares y la información
detallada de las versiones de las bases de datos utilizadas.
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