Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Tesis Doctoral
3.8.b). Sin embargo la expresión global del gen MEST sufre grandes variaciones en los distintos
tejidos (figura 3.8.c), afectando a la relación de expresión entre gen y exón (figura 3.8.d). Ante
esto, cualquier estrategia de análisis de splicing que no tenga en cuenta el desacuerdo en la
dinámica de expresión de las distintas entidades transcripcionales (en este caso entre el exón y
el gen), estará expuesta a la detección de falsos positivos.
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a b
c d
Figura 3.8. Resultados obtenidos siguiendo dos estrategias distintas en el análisis del exón
ENSE00001607748 del gen MEST. El exón muestra un nivel de expresión sin diferencias significativas a
lo largo de los 11 tejidos (a), lo cual se refleja en sus residuales calculados con ESLiMc (b). Cuando se
analiza el ratio entre la expresión del exón y la del gen (c) –líneas negra y roja respectivamente–, se
produce de forma artificial una modulación significativa entre tejidos (d), debido a las variaciones de
expresión del gen. Sin embargo, esto no significa que son debidas a un splicing alternativo en el exón
pues la variación del mismo en los distintos tejidos no es significativa.
3.2.6 Detección de cambios específicos debidos a splicing
Como se ha indicado, el método ESLiM basa la detección de cambios específicos debidos a
splicing alternativo detectando desvíos significativos entre la expresión observada de un exón
en un tejido o muestra concreta respecto al comportamiento global de expresión relativa
exón/gen en todas las muestras medido mediante un modelo de regresión lineal.
En la figura 3.9 se presenta como el método ESLiMc siguiendo el modelo de regresión lineal
(figura 3.9.a) detectó diferencias significativas entre el hígado y el cerebelo en el exón
ENSE00001527616 del gen RGN (figura 3.9.b), mientras que en los otros tejidos no detecta
ningún cambio significativo que refleje un evento de splicing. Por otro lado, mediante la
comparación simple entre la expresión del gen y el exón (figura 3.9.c) al comparar los tejidos
dos a dos se encuentran varios cambios importantes que reflejan posibles eventos de splicing
(figura 3.9.d) y no queda claro cuáles son los más significativos. Como demuestra la figura, los
resultados producidos por ESLiMc son menos ruidosos que los calculados con el logNI, y