Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Figura 3.4. Perfil de expresión del gen FAM49A (rojo), de su exón ENSE00001488214 (negro) y del
resto de exones (gris), sobre el set de datos de Affymetrix. La expresión del gen fue calculada con
GeneMapper y la sus exones con ExonMapper. La mayoría de exones muestra una fuerte correlación
aunque diferencias entre su nivel de expresión, sin embargo la línea negra muestra un exón con un
comportamiento muy distinto. Este exón es detectado por sondas con un alto %GC lo cual satura su
expresión.
Capítulo 3
Otra causa conocida del "efecto sonda" es la distancia del fragmento de transcrito reconocido
por la sonda al extremo 3’. Esto es un problema reportado en los antiguos modelos IVT 3’ y
asociado a la tecnología de estos microarrays en los que las amplificaciones se realizan
empezando por la cola poli-­‐A (ubicada en 3’), lo cual puede provocar diferencias en la
expresión detectada dependiendo de la distancia a 3’ (Auer et al., 2003). Aunque este desvío
hacía el 3’ no debería ser un problema para la tecnología de Random Priming utilizada en los
microarrays de exones, el efecto de la amplificación podría introducir ciertas variaciones entre
las distintas sondas.
La hibridación cruzada también puede ser causa de diferencias de comportamiento entre
sondas. El uso de herramientas como GATExplorer, asegura minimizar este efecto eliminando
las sondas ambiguas que mapean en más de un gen.
Todo estos efectos laterales posibles asociados a las sondas hacen que la señal detectada por
cada una de las sondas de los microarrays no sea producto únicamente de la cantidad de RNA
presente en la muestra, que es lo que realmente se quiere medir. Por ello, es importante que
los métodos de análisis de expresión comparen siempre las mismas sondas o conjuntos
sumarizados de sondas entre las distintas muestras, pero eviten hacer inferencias sobre la
expresión mezclando distintos tipos de sondas.
Métodos como el del algoritmo RMA y su extensión adaptada a la predicción de splicing
alternativo (FIRMA) tienen en cuenta el efecto de la sonda para estimar el nivel de expresión
del gen y de sus exones. Estos modelos funcionan para realizar comparaciones entre muestras
gen a gen o exón a exón, pero pueden ser bastante erróneos al comparar ratios entre gen y
exones ya que asumen que ambas señales tienen el mismo comportamiento. Como se ha
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