Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Capítulo 1
su presentación y detalle no es igual a GATExplorer y resulta muchas veces difícil de localizar y
de analizar. Otra aplicación web llamada X:map (Yates et al., 2008) proporciona anotación y
visualización de los probesets y sondas del microarray de exones de Affymetrix. También
existen paquetes en BioConductor como GenomeGraphs (Durinck et al., 2009) que realizan
gráficos de regiones cromosómicas consultando la base de datos de Ensembl. Incluso
Affymetrix realizó su propio programa de visualización y exploración de genes llamado
Integrated Genome Browser (IGB). Aunque todas estas aplicaciones son útiles, tienen unos
propósitos diferentes del de GATExplorer que mantiene una coherente integración de la
información sobre genes, transcritos y exones con la información sobre el re-­‐mapeo de sondas
y la visualización de datos de expresión. Además como plataforma bioinformática interactiva
también permite el uso por parte de los investigadores de herramientas BLAST para
localización de secuencias concretas de oligos o de genes en dicho contexto genómico.
APOE
NRAS
SCD1
GEO GSE2372 -­‐ Plataforma GPL1261 – Identificadores de array: GSM44658, GSM44663, GSM44659,
GSM44660, GSM44661, GSM44662.
GEO GSE14829 -­‐ PlataformaGPL81 – Identificadores de array: GSM371168, GSM371169, GSM371170,
GSM371174, GSM371175, GSM371176.
GEO GSE2926 -­‐ PlataformaGPL32 – Identificadoresdearray: GSM63851, GSM63852, GSM63853,
GSM63856, GSM63857, GSM63858.
IRS2 Arrays no publicados hasta la fecha (FONT DE MORA J. et al. 2010).
ENG Arrays no publicados hasta la fecha (RODRIGUEZ-­‐BARBERO A. et al. 2010).
Tabla 1.11. Set de datos de microarrays de ratones knock-­‐out utilizados en la comparativa de la tabla 1.10.
1.3.9. Paquetes de R y ficheros de texto proporcionados en GATExplorer
Con el objetivo de incorporar el re-­‐mapeo desarrollado en el presente trabajo al análisis de
cualquier set de datos de microarrays de expresión de Affymetrix, GATExplorer recoge toda la
información de dicho re-­‐mapeo en ficheros descargables con dos formatos distintos: ficheros
de texto plano y paquetes de R. En estos ficheros está presente la información de los probesets
y sondas "no ambiguos" a nivel de genes, de transcritos y de exones. Es decir, los oligos que
sólo mapean en una única entidad transcripcional y, por lo tanto, no presentan hibridación
cruzada; siendo los que deben usarse a la hora de calcular la expresión de los genes,
transcritos y exones.
Por cada modelo de microarray de expresión de Affymetrix existen en GATExplorer 4 tipos
distintos de ficheros de texto:
• probesets2genes: mapeo de probesets no ambiguos a nivel de genes.
• probes2genes: mapeo de sondas no ambiguas a nivel genes.
• ambigprobes2genes: mapeo de sondas ambiguas a nivel genes.
• probes2transcripts: mapeo de sondas no ambiguas a nivel de transcritos.
Para los microarrays de exones existe además el fichero:
• probes2genesplustranscripts: mapeo de sondas no ambiguas a nivel de genes,
mapeando en 1 o más transcritos del mismo gen.
Estos ficheros de texto plano son genéricos y pueden ser manejados por cualquier tipo de
aplicación, sin embargo, para aumentar la usabilidad del re-­‐mapeo de GATExplorer, se incluyó
también la construcción de paquetes CDFs para utilizar con R.
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