Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Tesis Doctoral
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Figura 3.6. Los desvíos significativos entre el valor de expresión observado de los exones respecto
a su valor estimado (línea de regresión) se interpretan como eventos de splicing alternativo.
3.2.4 Cálculo robusto de la expresión del gen
En las bases de datos genómicas, las estructuras de transcritos definidas para los distintos
genes humanos a aumentado su complejidad enormemente en los últimos años (ver capítulo
1). Esto ha hecho que abunden transcritos de longitudes muy dispares y de distinta naturaleza
como transcritos codificantes de proteínas y "pseudo-­‐transcritos" conviviendo en el mismo
locus génico. La estrategia definida en la sección anterior requiere de una medida de expresión
del gen lo más estable posible ante eventos de splicing alternativo. Esto lleva a la necesidad de
hacer una selección de las sondas conservadas y centrales que se utilizarán para calcular la
expresión del gen en lugar de utilizar la totalidad que mapean en el locus.
Las sondas ubicadas en exones exclusivos de un solo transcrito –no presentes en otros
transcritos del mismo locus– pueden hacer la expresión global del gen muy dependiente de la
transcripción alternativa de dicho transcrito, lo cual resulta ser negativo para el cálculo de
residuales con ESLiM ya que no dan una medida estable global del locus génico y comportan
variabilidad. Por este motivo se decidió establecer el uso de un núcleo de sondas para cada
gen con aquellas que mapean en todos sus transcritos reportados para dicho gen (según la
base de datos Ensembl). Esta aproximación, a la que llamamos ESLiM total (ESLiMt), debería
ser robusta pero tiene el inconveniente de que puede ser demasiado restrictiva, pudiendo
resultar que muchos genes quedarían desiertos de sondas comunes a todos sus transcritos.
Para solventar el problema de falta de cobertura, posible en muchos loci, se estableció una
variante del método con un criterio adicional menos restrictivo en el que se consideraron las
sondas comunes a los transcritos incluyendo solamente los transcritos largos que cubren más
del 60% del locus. Esta variación del método la llamamos ESLiM core (ESLiMc).