Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

ENSG00000142541 RPL13A small nucleolar RNA, C/D box 32A
ENSG00000063177 RPL18 ribosomal protein L18
ENSG00000131469 RPL27 ribosomal protein L27
ENSG00000100316 RPL3 small nucleolar RNA, C/D box 43
ENSG00000144713 RPL32 small nucleolar RNA, H/ACA box 7A
ENSG00000137818 RPLP1 ribosomal protein, large, P1
ENSG00000124614 RPS10 ribosomal protein S10
ENSG00000115268 RPS15 ribosomal protein S15
ENSG00000143947 RPS27A ribosomal protein S27a
ENSG00000083845 RPS5 ribosomal protein S5
Capítulo 4
ENSG00000168385 SEPT2 septin 2
ENSG00000130985 UBA1 ubiquitin-­‐like modifier activating enzyme 1
ENSG00000109332 UBE2D3 ubiquitin-­‐conjugating enzyme E2D 3 (UBC4/5 homolog, yeast)
ENSG00000134308 YWHAQ
tyrosine 3-­‐monooxygenase/tryptophan 5-­‐monooxygenase activation
ENSG00000164924 YWHAZ
protein, theta polypeptide
tyrosine 3-­‐monooxygenase/tryptophan 5-­‐monooxygenase activation
protein, zeta polypeptide
Tabla 4.2. Tabla de los 36 genes housekeeping humanos detectados por los 4 métodos estudiados: (i) Genes
expresados en ESTs; (ii) genes correlacionados a partir de datos de microarrays (Prieto et al., 2008); (iii) genes
descritos en (Hsiao et al., 2001); (iv) genes descritos en (Eisenberg and Levanon, 2003).
Para comprobar si los sets de genes humanos HKG encontrados es coherente con funciones
esenciales de las células, se realizó un análisis de enriquecimiento funcional del conjunto de
157 HKG utilizando la herramienta DAVID (Huang da et al., 2007) configurada para analizar
únicamente términos de Gene Ontology (GO FAT) enriquecidos con p-­‐valores corregidos de
FDR < 0.05. El resultado fue la obtención de términos enriquecidos en procesos básicos para el
mantenimiento de la actividad celular como: traducción de proteínas y ribosoma, glicólisis,
citoesqueleto, etc.
4.2.4. Identificación de genes específicos de tejido (TSG)
La identificación de los TSG se realizó sobre un grupo del set GSE3526 de 159 muestras. Este
conjunto de muestras es más amplio que el utilizado para el estudio anterior (i.e. las 96
muestras descritas en la sección 4.2.1). En este caso la selección se hizo de un modo menos
rígido, aumentando el número de tejidos y eliminando la restricción de 3 muestras por tejido.
El incluir un mayor número de tejidos permite medir el comportamiento de los genes bajo más
condiciones, aumentando por tanto el grado de confianza de que los genes identificados en el
análisis posterior sean realmente específicos.
En la tabla 4.3 se encuentra la relación de tejidos utilizados, detallando las distintas categorías
o tipos en tres niveles: desde categorías más específicas en el nivel 1 hasta categorías más
genéricas en el nivel 3. La descripción original de la muestra proporcionada por el set GSE3526
figura en la columna de nivel 1 en donde se identifican 47 tejidos distintos. En los niveles 2 y 3
se agrupan los tejidos similares bajo categorías más amplias. De esta manera, por ejemplo, los
tejidos "córtex cerebral" y "lóbulo frontal" quedarán agrupados bajo la etiqueta "cerebro" en
el nivel 2, mientras que "cerebelo" mantendrá la misma etiqueta en el nivel 1 y 2. El nivel 3
agrupa todos estos tejidos bajo la descripción "tejido nervioso". Tejidos con origen y función
similar (como p. ej. aquellos que componen el sistema nervioso) puede tener muchos genes en
común, pero no serán considerados específicos de tejido si son analizados a nivel 1. Sin
embargo, sí pueden ser exclusivos de grupo de tejido cuando se analizan según una categoría
más amplia, nivel 3. De esta forma, considerando distintos niveles o categorías fenotípicas,
podremos encontrar genes específicos a distintos niveles, aumentando la riqueza de los
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