Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Tesis Doctoral
1.3.7. Herramientas para visualización y exploración de datos incluidas
en GATExplorer
Con el propósito de ofrecer acceso y uso de los resultados del re-­‐mapeo de sondas de
microarrays así como su visualización y posibilidad de exploración en un contexto genómico y
transcriptómico, se desarrolló la plataforma bioinformática web interactiva accesible vía
internet denominada GATExplorer (Genomic and Transcriptomic Explorer), ya citada en el
apartado 1.1.4 y descrita en parte en el apartado 1.2 de Métodos. Dicha web integra la base
de datos del mapeo con un navegador genómico y con datos de expresión. Esta aplicación se
encuentra accesible en la dirección URL: http://bioinfow.dep.usal.es/xgate. La herramienta
permite la búsqueda de un gen mediante cuatro tipos de acceso: (i) acceso por palabra clave,
(ii) acceso por probeset, (iii) acceso por secuencia y (iv) acceso por coordenadas genómicas. En
la figura 1.13 se muestra, con el ejemplo del gen STAT5A, una página de GATExplorer.
Figura 1.13. Página de la aplicación web GATExplorer implementada para visualizar y explorar datos
genómicos y transcriptómicos y para descargar los resultados de re-­‐mapeo de sondas de expresión de
microarrays. Pantalla mostrando la ubicación cromosómica global y regional del gen humano STAT5A.
El acceso por palabra clave en la aplicación web permite buscar un gen por su nombre (p.ej.
STAT5A) o por su descripción (p. ej. Signal transducer and activator of transcription 5A) (figura
1.13). El acceso en la aplicación por probeset permite localizar un gen a partir del
correspondiente identificador de Affymetrix que hibrida con él (p. ej. 203010_at). El acceso por
secuencia lanza un alineamiento a través del algoritmo BLAST sobre el genoma del organismo
seleccionado. En este acceso se permite tanto secuencias de nucleótidos como de aminoácidos
lanzando automáticamente el algoritmo correspondiente: blastn o tblastn. Este alineamiento
se hace en tiempo real sobre ficheros de DNA genómico permitiendo, a diferencia del
alineamiento realizado durante el alineamiento de las sondas, ubicar secuencias en intrones o
entre loci génicos. Finalmente el acceso por coordenadas permite al usuario especificar una
región concreta de un cromosoma con las posiciones de inicio y fin, que posteriormente se
mostrarán en el navegador genómico. Una vez seleccionado el gen de interés la aplicación
mostrará una serie de visores jerárquicos con sus correspondientes entidades genómicas
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