Alberto Risueño Pérez - Gredos - Universidad de Salamanca

Capítulo 3
Recientemente se han incorporado al transcriptoma humano muchos transcritos cortos del
tipo "procesados" o no codificantes de proteínas, con una baja evidencia biológica de
existencia real. Este tipo de transcritos cortos no incluye muchas sondas ubicadas en exones
bien anotados, y se consideran para calcular la señal del locus utilizando el método ESLiMt dan
lugar a una pérdida importante de cobertura. Por ello en ESLiMc simplemente se han obviado
estos transcritos eliminando aquellos menores a un 60% del tamaño del locus.
La figura 3.7 muestra un ejemplo de los transcritos definidos en Ensembl v57 para el gen RGN.
De los 6 transcritos, 4 son codificantes de proteína y 2 son transcritos procesados. De acuerdo
con ESLiMt para el cálculo de la señal de expresión de este gen se considerarían únicamente
algunas de las sondas ubicadas en el cuarto exón, mientras que con ESLiMc se incluirían todos
los exones marcados en verde, lo cual supone incluir la mayoría de los exones codificantes,
exceptuando uno, mas el UTR del extremo 3’.
Figura 3.7. Transcritos definidos en la versión 57 de Ensembl para el gen RGN. Dos de los 6 transcritos son
de longitud