Contribution à l'étude de virus de mollusques marins apparentés ...

1.2 - Recherche de séquences conservées chez les virus apparentés aux herpès.
Dans l'objectif de pouvoir disposer rapidement de réactifs de diagnostic, la recherche
de séquences conservées parmi les virus apparentés aux herpès a été réalisée à partir des
séquences virales disponibles dans les banques de données.
Dans l'hypothèse de l'existence de motifs protéiques conservés, la mise au point d'une
méthode de diagnostic utilisant des réactifs ubiquitaires, pourrait être envisagée à partir de
sondes nucléiques dégénérées, correspondant aux motifs protéiques. Ces sondes pourraient
être utilisées en PCR ou en hybridation in situ sur les échantillons de C. gigas suspectés d'être
infectés par le virus de type herpès.
La recherche de telles séquences a été basée sur les résultats de Mc Geoch (1987).
Celui ci montre l'existence d'homologies de séquences parmi certains gènes impliqués dans la
réplication de l'ADN viral. Ces résultats ont été obtenus en comparant le génome du virus
Herpès Simplex type 1 (HSVI, Alphaherpesvirinae) avec celui du Varicella Zoster Virus
(VZV, Alphaherpesvirinae) et celui du Virus d'Epstein Barr (EBV, Gammaherpesvirinae). Le
Tableau 1 est reproduit partiellement d'après Mc Geoch (1987).
D'après ces résultats, la comparaison des gènes équivalents à la DNA polymérase (pol)
et à la DNA binding protein (dbp) a été réalisé à partir des séquences connues et disponibles
pour les virus type des sous-familles Alphaherpesvirinae, Betaherpesvirinae et
Gammaherpesvirinae. Ces virus sont respectivement l'HSVI, le Cytomégalovirus Humain
(HCMV) et l'EBV. L'alignement des séquences a été réalisé grâce au programme Clustal
(BISANCE). Ces séquences ont également été comparées à celle du Channel Catfish Virus
(CCV).
1.2.1 - Alignement des séquences DNA polymerase (pol) virales
L'alignement complet des séquences protéiques réalisé par le programme Clustal, est
représenté dans la Figure 1. Les taux de dégénérescence ont été calculés à partir des séquences
nucléiques correspondant aux motifs protéiques les plus conservés. Seuls, les motifs A, B et C
(Figure 2) peuvent être retenus pour une éventuelle application à la méthode de PCR. En effet,
Un minimum de 23 nucléotides est considéré comme nécessaire pour déterminer des amorces
de PCR. Ces amorces doivent de plus présenter un taux de dégénérescence maximum de 2000
à 3000, de façon à présenter une spécificité correcte (C. Delsert, communication personnelle).
Seul le motif C peut être partiellement aligné avec la séquence du CCV. Le motif
conservé concerne six acides aminés: YGDTDS, qui représentent une zone fonctionnelle de
la DNA polymérase. Le motif, constant chez les Herpesviridae est également conservé pour
les gènes pol d'autres virus tels que les Adenoviridae, les Baculoviridae et les Poxviridae ainsi
que pour la levure Saccharomyces cerevisiae (Tolmaski et al., 1988). Ce motif est cependant
insuffisant dans le cadre d'une application au diagnostic du virus de type herpès de C. gigas.
L'alignement manuel et par le programme Clustal du gène pol du CCV avec les gènes
équivalents des virus HSV l, HCMV et EBV, pris individuellement, ne permet pas de
déterminer de motifs protéiques conservés autres que celui décrit ci dessus (résultat non
montré).
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