Contribution à l'étude de virus de mollusques marins apparentés ...

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Figure 1 : Comparaison des séquences protéiques d'ADN polymérases d'herpesvirus. Les séquences d'ADN polymérases de trois Herpesviridae appartenant aux trois sous-familles a, b, g ont été comparées grâce au programme d'alignement Clustal. Ces séquences sont désignées par les mnémoniques suivants: DJBEl6 : Herpes simplex 1 (HSVl, a), DJBE2L : Epstein Barr virus (EBV, y), DJBECI : Human Cytomegalovirus (HCMV, fJ) DJBE16 MFSGGGGPLSPGGKSAAfUlASGFFAPAGPRGAGRGPPPCLRQNFYNPYLAPVGTQQKPTG oJBE2L M··--SGGL---- ----- -- --FYNPFL- --- -----------RPNKGLL-----KKPooJBECI M----------- ------ ----FFNPYLSGGVTGGAVAGGRRQRSQPGSAQGSGKRPPQ- oJBE16 oJBE2L oJBECI • • • • PTQRHTYYSECoEFRF IAPRVLOEDAPPEKRAGVHDGHLKRAPKVYCGGoEROVLRVGSG ----- ------KEYLRLIPKCFQTPGA-- --AGVVoVRGPQPPLCFYQDSLTVVGGoEDG ----- ------KQFLQIVPRGVMFDGQ----TGLIKHKTGRLPLMFYREIKHLLSHDM-- • • • DJBE16 -GFWP--RRSRLWGGVoHAPAGFNPTVTVFHVyoILENVEHAYGMRAAQFHARFMOAITP oJBE2L KGHW- --WRQRAQEGTARPEAOTHGSPLoFHVyoILETV-- YTHEKCAV IPSoKQGYVVP oJBECI --VWPCPWRETL ----- ---VGRVVGPIRFHTYOQToAV--LFFoSPENVSPRYRQHLVP • • ** ** * • oJBE16 TGTVITLLGL-TPEGHRVAVHVYGTRQYFYMNKEEVoRHLQCRAPRoLCERHAAALRESP oJBE2L CGIVIKLLGRRKAOGASVCVNVFGQQAYFY-----------ASAPQGLDVEFAV-LSALK oJBECI SGNVLRFFGA -TEHGYSICVNVFGQRSYFY- --- -------CEYSOTORLR-EV-IASVG • * • * * * * *** oJBE16 GASFRGISAOHFEAEVVERToVYYYETRPALFYRVYVRSG-- ---RVL SYLCoNFCPAIK oJBE2L ASTFoRRTPCRVSVEKVTRRSIMGYGNHAG -oYHKITLSHPNSVCHVATWLQDK- -HGCR DJBECI ELVPEPRTPYAVSVTPATKTSIYGYGTRPVPoLQCVSISNWTHARKIGEYLLE---QGFP • • • oJBE16 KYEGGVoATTRFILoNPGFVTFGWYRLKPGRNNTLAQPRAPHAFGTSSoVEFNCTAONLA DJBE2L IFEANVoATRRFVLDNo-FVTFGWYSCR--RAIPRLQHRD-----SYAELEYoCEVGOLS DJBECI VYEVRVoPLTRLVIoRR-ITTFGWCSVN--RYoWRQQGRA-----STCoIEVOCoVSoLV * ** * 111 **** • * * • * * oJBE16 IEGGMSoLPAYKLMCFoIECKAGGEoELAFPVAGHPEoLVIQISCLLYoLSTTA----- - OJBE2L VRREDSSWPSYQALAFoIECL-GEEG---FPTATNEAOLILQISCVLWSTGEEAGRYRR1 oJBECI AVPoDSSWPRYRCLSFoIECMSGEGG---FPCAEKSoDIVIQISCVCYETGGNTAVOQGI * * * ***** * ** * * **** DJBE16 ------------- -- LEH --VLLFSLGSCoLPESHLNELAARGLPTPVVLEFDSEFEMLL DJBE2L ----------------------LLTLGTCEoIE-GVE-----------VYEFPSELOMLY oJBECI PNGNDGRGCTSEGVIFGHSGLHLFTIGTCGQVGPoVo-------- ---VYEFPSEYELLL • •• * ** ** * DJBE16 AFHTLVKQYGPEFVTGYN IINFOWPFLLAKLToIYKVPLDGYGRHN--- -GRGVFRVWDI DJBE2L AFFQLIRoLSVEIVTGYNVANFOWPYILoRARHIYSINPASLGKIRA--GGVCEVRRP-- DJBECI GFMLFFQRYAPAFVTGYNINSFDLKYILTRLEYLYKVDSQRFCKLPTAQGGRFFLHSPAV • ***** ** * • • oJBE16 G-----QSHFQKRS----------KIKVNGMVSIOMYGIITDKIKLSSYKLNAVAEAVLK oJBE2L ---HDAGKGFLRAN-- ·------TKVRITGLIPIOMYAVCRoKLSLSoYKLDTVARHLLG DJBECI GFKRQYAAAFPSASHNNPASTAATKVYIAGSVVIOMYPVCHAKTNSPNYKLNTHAELYLR • * * .. *** • *** * * oJBE16 oKKKDLSYRoIPAYYAAGPAQRGVIGEYCIQDSLLVGQLFFKFLPHLELSAVARLAGIN1 oJBE2L AKKEDVHYKEIPRLFAAGPEGRRRLGMYCVQDSALVMoLLNHFVIHVEVAEIAKIAHIPC DJBECI QRKoOLSYKoIPRCFVANAEGRAQVGRYCLQoAVLVRoLFNTINFHYEAGA IARLAKIPL * * * ** * * * ** ** ** * * * * * * DJBE16 TRTIYOGQQIRVFTCLLRLADQKGFILPoTQGR------ · ·········------ · FRGA oJBE2L RRVLDDGQQIRVFSCLLAAAQKENFILP-·------------····· ·----------·· oJBECI RRVlFOGQQIRIYTSLLDECACRDFILPNHYSKGTTVPETNSVAVSPNAAllSTAAVPGo * ****** ** **** A 153
DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI DJBE16 DJBE2L DJBECI GGE--- -----APKRPAAAREDEERPEEEGEDEDE-------REEGGGEREPDGARETAG --------------MPSASDRDG----- --- --- --- ----------------------- AGSVAAMFQMSPPLQSAPSSQDGVSPGSGSNSSSSVGVFSVGSGSSGGVGVSNDNHGAGG * RH-VGYDGARVLDPTSGFHVNPVVVFDFASLYPSIIQAHNLCFSTLSLRADA--VAHLEA -----YQGATV IQPLSGFYNSPVLVVDFASLYPSIIQAHNLCYSTMITPGEEHRLAGLRP TAAVSYQGATVFEPEVGYYNDPVAVFDFASLYPSllMAHNLCYSTLLVPGGEYPVD---P **** * * * ** * ********** ***** ** B GKDYLEIEVGGRRLFFVKAHVRESLLSILLRDWLAMRKQIRSRIPQSS-PEEAVLLDKQQ GEDYESFRLTGGVYHFVKKHVHESFLASLLTSWLAKRKAIKKLLAACEDPRQRTILDKQQ ADVYSVTLENGVTHRFVRASVRVSVLSELLNKWVSQRRAVRECMRECQDPVRRMLLDKEQ * * ** * * * ** * * * *** * AAIKVVCNSVYGFTGVQHGLLPCLHVAATVTTIGREMLLATREYVHARWAA---FEQLLA LAIKCTCNAVYGFTGVANGLFPCLSIAETVTLQGRTMLERAKAFVEAL--SPANLQAL- MALKVTCNAFYGFTGVVNGMMPCLPlAASITRIGRDMLERTARFIKDNFSEPCFLHNFFN * * ** . ****** . * *** * * ** ** --DF------------ ----PEAADMRAPGPYS----MRIIYGDTDSIFVLCRGLTAAGL ---------APSPDAWAPLNPEG-------------QLRVIYGDTDSLFIECRGFSESET QEDYVVGTREGDSEESSAL-PEGLETSSGGSNERRVEARVIYGDTDSVFVRFRGLTPQAL ** * ******* * ** C TAMGDKMASHISRALFLPPIKLECEKTFTKLLLIAKKKYIGVIYGGKML-IKGVDLVRKN LRFADALAAHTTRSLFVAPISLEAEKTFSCLMLITKKRYVGVLTDGKTL-MKGVELVRKT VARGPSLAHYVTACLFVEPVKLEFEKVFVSLMMICKKRYIGKVEGASGLSMKGVDLVRKT * ** * ** ** * * * ** * * * *** **** NCAFINRTSRALVDLLFYDDTVSGAAAALAERPAEEWLARPLPEGLQAFGAVLVDAHRRI ACKFVQTRCRRVLDLVLADARVKEAASLLSHRPFQESFTQGLPVGFLPVIDILNQAYTDL ACEFVKGVTRDVLSLLFEDREVSEAAVRLSRLSLDEVKKYGVPRGFWRILRRLVQARDDL * * * * * * ** * * * * * * TDPERDIQDFVLTAELSRHPRAYTNKRLAHLTVYYKLHARRAQVPSIKDRIPYVIVA-- REGRVPMGELCFSTELSRKLSAYKSTQMPHLAVYQKFVERNEELPQIHDRIQYVFVEPK YLHRVRVEDLVLSSVLSKDISLYRQSNLPHIAVIKRLAARSEELPSVGDRVFYVLTAPGV ** * * * * * ** ** ----QTREVEETVARLAALRELDAAAPGDEPAPPAALPSPAKRPRETPSPADPPGGASKP ------------------- -- --- ---- ---- --GGV--- ---------K-----GARKT RTAPQGSSONGOSVTAGVVSRSDAIDGTOOOADGGGVEESNRRGGEPAKK-----RARKP * * RKLLVS- ELAEOPAYAIAHGVALNTOYYFSHLLGAACVTFKALF-GNNAKITESLLKRFI -------EMAEOPAYAERHGVPVAVOHYFOKLLQGAANILQCLFONNSGA------ALSV PSAVCNYEVAEOPSYVREHGVPlMADKYFEQVLKAVTNVLSPVFPGGETARKOKFLHMVL * **** * *** * ** * * PEVWHPPOOVTARLRAAGFGAVGAGATAEETRRMLHRAFOTLA LQNFTAR---------PPF- --- ------------ -------- PRRLHLE------ -- -PAF--LPYSVKAHEC-----------C * 154
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