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5.1.2.2. Tests phénotypiques
Les tests phénotypiques mesurent la production virale en culture cellulaire sous concentrations
croissantes de l'antirétroviral. On définit ainsi les concentrations inhibitrices 50% et 90% (CI 50 ou
CI 90 ) capables d'inhiber respectivement 50 et 90% de la réplication virale. Les virus résistants sont
capables de se multiplier en présence d'une concentration d'antirétroviral qui inhibe la réplication des
virus sensibles. Trois firmes proposent des tests phénotypiques avec une technique utilisant des virus
recombinants : le test Antivirogram ® de Virco, PhenoSense ® de Virologic et Phenoscript ® de
VIRalliance (135). Les résultats des tests phénotypiques sont exprimés par le rapport entre la CI 50 ou
CI 90 de la souche du patient et celle d’un isolat sensible de référence. La détermination des valeurs
seuils de ce rapport correspondant à une réelle diminution de sensibilité phénotypique pose des
problèmes difficiles. Les trois techniques commerciales ont été comparées dans une seule étude, qui
analysait les augmentations de CI 50 de virus provenant de 30 patients traités par rapport à une souche
contrôle. Globalement, la concordance entre les résultats des trois techniques était élevée pour les INN
et les IP (86 % à 91 %), mais moins bonne pour les IN (136). Une telle étude mériterait d’être répétée
en comparant l’interprétation des résultats.
Au total, les tests phénotypiques restent aujourd’hui un outil de recherche qui doit continuer à être
évalué et amélioré, en particulier dans la perspective de l’évaluation de nouvelles molécules et de
l’utilisation de ces tests en association avec les mesures plasmatiques des ARVs. Ils ne sont pas
d’actualité pour les études africaines.
5.1.3. Mutations de résistance à la NVP utilisée en monodose pour la PTME
La NVP utilisée en monodose pour la PTME peut entraîner des mutations de résistance des virus
circulant chez la mère comme des virus circulant chez l’enfant (82, 83, 137).
La résistance à la NVP est définie par la présence des mutations K103N, V106A/M, Y181C, Y188C et
la G190A (138). La liste des mutations de résistance évolue encore. Ainsi, une équipe en Afrique du
Sud a récemment décrit une nouvelle mutation de résistance associée à la NVP chez les femmes
infectées par le VIH-1 avec le sous-type C : la V106M. Cette mutation a été retrouvée six semaines
après l'accouchement chez 7/141 femmes ayant reçu une monodose de NVP (86).
Trois études dont deux en Afrique ont rapporté la prévalence des mutations de résistance à la NVP
utilisée en monodose chez la femme enceinte, ainsi que les facteurs associés à ces mutations de
résistance (82, 83, 137, 139). Les mutations de résistance à la NVP ont été également investiguées
chez les enfants dans ces études (tableau 27).