Programmreport 2012 - DORIS - Bundesamt für Strahlenschutz

2.3 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG
Nach Qualitätskontrollen wird die bioinformatische Analyse durchgeführt und abschließend erfolgt die Integration
der Ergebnisse unterschiedlicher Ebenen. Die Ergebnisse werden im Abschlussbericht im Kontext zum
aktuellen Wissen zur Leukämogenese dargestellt.
3. METHODIK
3.1 SEQUENZIERUNG DER PROBEN
Die Sequenzierung beinhaltet folgende Schritte:
- Aufarbeitung der Spezimen zur Gewinnung der Nukleinsäuren inklusive Qualitätskontrollen.
- Durchführung von Genomsequenzierung, Exomsequenzierung, Methylomsequenzierung, Transkriptomsequenzierung,
miRNom-Sequenzierung und
- Validierung in unabhängigen Kohorten mittels Low-density-Assays (z. B. Sanger-Sequenzierung,
RQ-PCR (real time quantitative polymerase chain reaction), Bisulfit-Sequenzierung).
TB 03
3.2 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG
Die Auswertung umfasst:
- Separates Read Alignment und Mutations-Detektion bei Exom- und Genomdaten, CNV (Copy Number
Variation)-Detektion in Genomdaten,Analyse von RRBS-Methylomdaten und spezifische Transkriptomanalyse;
- Finale Integration der unterschiedlichen Datenqualitätsebenen.
4. DURCHFÜHRUNG
4.1 SEQUENZIERUNG DER PROBEN
Eine umfassende Genomanalyse wird an fünf B-Vorläufer-Zell ALL mit einer chromosomalen Translokation
t(17;19), die zu einer Genfusion des Hepatic leukemia factor-Gens mit dem E2A-Gen führt, sowie an fünf
B-Vorläufer-Zell ALL mit einer chromosomalen Translokation t(1;19), die zu einer Genfusion des Pre-B cell
leukemic homeobox1-Gens mit dem E2A-Gen führt, vorgenommen. Weiterhin werden rekurrente somatische
Veränderungen (n 2), die in den initialen Sequenzieranalysen detektiert wurden, in einem repräsentativen
ALL-Kollektiv von weiteren 200 ALL-Proben bei Erstdiagnose und 50 Proben bei Rezidivdiagnose auf ihre Inzidenz
in der ALL-Population (Basis: ALL-BFM- und ALL-REZ BFM-Studiengruppen) untersucht.
4.2 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG
Zunächst wird ein „Read Alignment“ für Genome und Exome gegen das humane Referenzgenom, Annotation
und Klassifizierung der Varianten vorgenommen. Strukturelle Variationen werden mittels Sequenzpaaranalyse,
Sequenztiefenanalyse, Sequenzaufspaltungsanalyse und Sequenzassemblierung untersucht. Methylomdaten
werden mittels spezieller Algorithmen, unter Berücksichtigung der Bisulfitkonvertierung, auf die Zielregion
im Referenzgenom („restriction specific target enrichment“) abgebildet und anschließend der Grad der
DNA-Methylierung an Cytosin-Basen bestimmt. Transkriptomsequenzen werden nach Kartierung auf das Referenzgenom
kartiert, es werden Expressionsprofile und Pathwayanalysen für jede Probe hergestellt sowie
eine umfassende Analyse der Spleißvarianten durchgeführt.
5. ERGEBNISSE
5.1 SEQUENZIERUNG DER PROBEN
Die Sequenzierarbeiten sind zum Großteil abgeschlossen.
5.2 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG
Die Sequenzierdaten befinden sich in bioinformatischer Auswertung.
156 Statusberichte TB 03: Strahlenbiologie - Wirkung von ionisierender Strahlung, Strahlenempfindlichkeit