Programmreport 2012 - DORIS - Bundesamt für Strahlenschutz

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2.3 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG Nach Qualitätskontrollen wird die bioinformatische Analyse durchgeführt und abschließend erfolgt die Integration der Ergebnisse unterschiedlicher Ebenen. Die Ergebnisse werden im Abschlussbericht im Kontext zum aktuellen Wissen zur Leukämogenese dargestellt. 3. METHODIK 3.1 SEQUENZIERUNG DER PROBEN Die Sequenzierung beinhaltet folgende Schritte: - Aufarbeitung der Spezimen zur Gewinnung der Nukleinsäuren inklusive Qualitätskontrollen. - Durchführung von Genomsequenzierung, Exomsequenzierung, Methylomsequenzierung, Transkriptomsequenzierung, miRNom-Sequenzierung und - Validierung in unabhängigen Kohorten mittels Low-density-Assays (z. B. Sanger-Sequenzierung, RQ-PCR (real time quantitative polymerase chain reaction), Bisulfit-Sequenzierung). TB 03 3.2 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG Die Auswertung umfasst: - Separates Read Alignment und Mutations-Detektion bei Exom- und Genomdaten, CNV (Copy Number Variation)-Detektion in Genomdaten,Analyse von RRBS-Methylomdaten und spezifische Transkriptomanalyse; - Finale Integration der unterschiedlichen Datenqualitätsebenen. 4. DURCHFÜHRUNG 4.1 SEQUENZIERUNG DER PROBEN Eine umfassende Genomanalyse wird an fünf B-Vorläufer-Zell ALL mit einer chromosomalen Translokation t(17;19), die zu einer Genfusion des Hepatic leukemia factor-Gens mit dem E2A-Gen führt, sowie an fünf B-Vorläufer-Zell ALL mit einer chromosomalen Translokation t(1;19), die zu einer Genfusion des Pre-B cell leukemic homeobox1-Gens mit dem E2A-Gen führt, vorgenommen. Weiterhin werden rekurrente somatische Veränderungen (n 2), die in den initialen Sequenzieranalysen detektiert wurden, in einem repräsentativen ALL-Kollektiv von weiteren 200 ALL-Proben bei Erstdiagnose und 50 Proben bei Rezidivdiagnose auf ihre Inzidenz in der ALL-Population (Basis: ALL-BFM- und ALL-REZ BFM-Studiengruppen) untersucht. 4.2 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG Zunächst wird ein „Read Alignment“ für Genome und Exome gegen das humane Referenzgenom, Annotation und Klassifizierung der Varianten vorgenommen. Strukturelle Variationen werden mittels Sequenzpaaranalyse, Sequenztiefenanalyse, Sequenzaufspaltungsanalyse und Sequenzassemblierung untersucht. Methylomdaten werden mittels spezieller Algorithmen, unter Berücksichtigung der Bisulfitkonvertierung, auf die Zielregion im Referenzgenom („restriction specific target enrichment“) abgebildet und anschließend der Grad der DNA-Methylierung an Cytosin-Basen bestimmt. Transkriptomsequenzen werden nach Kartierung auf das Referenzgenom kartiert, es werden Expressionsprofile und Pathwayanalysen für jede Probe hergestellt sowie eine umfassende Analyse der Spleißvarianten durchgeführt. 5. ERGEBNISSE 5.1 SEQUENZIERUNG DER PROBEN Die Sequenzierarbeiten sind zum Großteil abgeschlossen. 5.2 BIOINFORMATISCHE AUSWERTUNG Die Sequenzierdaten befinden sich in bioinformatischer Auswertung. 156 Statusberichte TB 03: Strahlenbiologie - Wirkung von ionisierender Strahlung, Strahlenempfindlichkeit
6. GEPLANTE WEITERARBEIT Die Sequenzierarbeiten und die Auswertung der Daten werden abgeschlossen. Die Ergebnisse werden im Hinblick auf bisher bekannte Aberrationen im Kontext von Karzinogenese/Leukämogenese bewertet. Außerdem wird geprüft, ob gefundene Aberrationen rekurrent sind, also für die ALL im Kindesalter von allgemeiner Bedeutung sein könnten. TB 03 Statusberichte TB 03: Strahlenbiologie - Wirkung von ionisierender Strahlung, Strahlenempfindlichkeit 157
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Strahlenschutzforschung Programmrep
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