xxiii πανελληνιο ÏƒÏ Î½ÎµÎ´ÏÎ¹Î¿ Ï†Ï ÏƒÎ¹ÎºÎ·Ï‚ στερεας καταστασης & επιστημης ...

ΥΠΟΛΟΓΙΣΜΟΣ ΠΑΡΑΜΕΤΡΩΝ ΤΗΣ ΜΕΘΟΔΟΥ ΙΣΧΥΡΗΣ
ΔΕΣΜΕΥΣΗΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΜΟΝΤΕΛΟΠΟΙΗΣΗ ΜΕΤΑΦΟΡΑΣ ΗΛΕΚΤΡΙΚΟΥ
ΦΟΡΤΙΟΥ ΣΤΟ DNA
Hawke L., Kalosakas G.*, Simserides C.
University of Patras, Materials Science Department, Panepistimiopolis, Rio, GR-26504, Patras, Greece
*georgek@upatras.gr
Χρησιμοποιώντας τη μέθοδο του γραμμικού συνδυασμού των ατομικών τροχιακών (LCAO) και τα στοιχεία
μήτρας του Harrison [1,2] για τα ατομικά τροχιακά p z των ζευγών βάσεων του DNA, υπολογίζουμε τις ιδιοτιμές
της ενέργειας και τις αντίστοιχες κυματοσυναρτήσεις για τις HOMO και LUMO μοριακές καταστάσεις των
ζευγών βάσεων AT και GC.
Έπειτα υπολογίζουμε τα στοιχεία μήτρας των Slater-Koster [3] μεταξύ διαδοχικών ζευγών βάσεων που δίνουν τις
παραμέτρους της μεθόδου της ισχυρής δέσμευσης (tight-binding). Οι παράμετροι αυτοί περιγράφουν την
μεταφορά φορέων (ηλεκτρονίων ή οπών) μεταξύ διαδοχικών ζευγών βάσεων [4] και μπορούν να χρησιμοποιηθούν
σε μεσοσοκοπικά φαινομενολογικά μοντέλα μεταφοράς φορτίου στο γενετικό υλικό [5-10] για μεγαλύτερης
κλίμακας προσομοιώσεις.
[1] W. A Harrison, “Electronic structure and the properties of solids’’, Dower, New York (1989)
[2] E. N. Οικονόμου, “Φυσική στερεάς κατάστασης”, τόμος Ι, Π.Ε.Κ. (1997)
[3] J. C. Slater and G. F. Koster, Phys. Rev. 94, 1498 (1954)
[4] R. G. Endres, D. L. Cox and R. R. P. Singh, Ren. Mod. Phys. 76, 195 (2004)
[5] S. V. Rakhmanova and E. M. Conwell, J. Phys. Chem. B 105, 2056 (2001)
[6] G. Kalosakas, K. Ø. Rasmussen and A. R. Bishop, J. Chem.Phys. 118, 3731 (2003).
[7] D. Hennig, Eur. Phys. J. B 30, 211 (2002).
[8] Z. G. Yu and X. Song, Phys. Rev. Lett. 86, 6018 (2001).
[9] G. P. Triberis, C. Simserides and V. C. Karavolas, J. Phys.:Condens. Matter 17, 2681 (2005).
[10] R.Bruinsma, G.Grüner,M.R., D’ Orsogna, and J. Rudnick Phys Rew.Lett. 85, 4393 (2000).
181