Structure, fonctionnement, évolution des communautés benthiques ...

tel-00009359, version 1 - 1 Jun 2005
Chapitre 2 – Structure et variabilité spatio-temporelle des peuplements benthiques
disparités sont des distances décrivant la représentation optimale des individus. La mesure de l'écart
entre les disparités et les distances mesurées sur la représentation obtenue par le MDS se nomme le
« stress de Kruskal » : plus le stress est faible, meilleure est la représentation des individus. Ainsi, une
valeur de stress inférieure à 0,1 traduit une excellente représentation, entre 0,1 et 0,25 elle donne une
image satisfaisante, entre 0,25 et 0,5 la qualité est médiocre et les valeurs supérieures à 0,5 révèlent
une représentation aléatoire (Cox et Cox, 1994). Une répétition des opérations (itérations) de calculs
afin de retenir la meilleure des représentations s’avère nécessaire dans ce type d’analyse, puisque la
configuration optimale est dépendante du point de départ. Les significations statistiques des
différences observées sur les représentations graphiques des MDS et celles mesurées par les distances
de Bray-Curtis ont été testées en utilisant le test ANOSIM (PRIMER, Clarke et Warwick, 1994). Ce
test permet de déterminer la significativité des différences en comparant les distances entre les
stations. Une différence est considérée comme significative lorsque la probabilité p est inférieure à
0,05.
2.1.5 3 Analyse Factorielle des Correspondances
L’analyse factorielle des correspondances (AFC) consiste à rechercher la meilleure
représentation simultanée de deux ensembles constitués par les lignes et les colonnes d’un tableau de
contingence, c’est-à-dire les points d’observation (stations) et les points variables (espèces), ces deux
ensembles jouant un rôle symétrique. Les répartitions des points d’observation et des points variables
sont réalisées en pourcentages afin que les distances aient un sens. La distance utilisée est celle du
Chi2. Les graphiques représentent une projection simultanée des points colonnes (stations) et des
points lignes (espèces) dans un espace ayant autant de dimensions que de variables mesurées
(Menesguen, 1980). Classiquement, la représentation utilisée est formée par deux axes orthogonaux
représentant un maximum de variance pour l’analyse (généralement les deux ou trois premiers axes).
L’interprétation des résultats se fait en terme de proximité entre les stations, les espèces ou entre
stations et espèces. Les contributions relatives ou absolues de chaque station ou espèce pour chaque
axe apportent des éléments indispensables pour l’interprétation, tandis que leur cosinus carré traduit la
plus ou moins grande représentativité de l’axe pour la variable considérée.
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