Funktionelle Analyse von Proteinen der Gpr1/Fun34/yaaH ...
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3 Ergebnisse<br />
3.1 Die <strong>Gpr1</strong>/<strong>Fun34</strong>/<strong>yaaH</strong>-Familie<br />
3.1.1 Datenbankanalyse <strong>von</strong> <strong>Gpr1</strong>p dessen Homologen und Orthologen<br />
Ergebnisse<br />
In Datenbanken (InterPro-Datenbank 1 , NCBI-BLAST-Software 2 und Fasta-Programm 3 ) wurde<br />
nach Orthologen des <strong>Gpr1</strong>-Proteins gesucht. In <strong>der</strong> InterPro-Datenbank wurde eine Reihe<br />
<strong>von</strong> <strong>Proteinen</strong> gefunden, die zur <strong>Gpr1</strong>/<strong>Fun34</strong>/<strong>yaaH</strong>-Familie gehören. Die Mitglie<strong>der</strong> dieser<br />
Proteinfamilie besitzen sechs potentiell membranspannende Domänen und enthalten das<br />
charakteristische Familienmotiv N-P-[AV]-P-[LF]-G-L-X-[GSA]-F. GPR1-orthologe Gene kommen<br />
in vielen Organismen vor, es handelt sich hierbei um Archaebakterien, Eubakterien,<br />
einzellige und filamentöse Pilze sowie Algen. Keine <strong>Gpr1</strong>p-Orthologen konnten in höheren<br />
Pflanzen, wirbellosen Tieren und Vertebraten gefunden werden. Die Organismen besitzen<br />
ein (z. B. Schizosaccharomyces pombe, Pichia angusta, Chlamydomonas reinhardtii) bis<br />
acht (z. B. Candida albicans) <strong>Gpr1</strong>p-Orthologe.<br />
Mit Hilfe <strong>der</strong> Génolevures 4 Datenbank konnten in Y. lipolytica fünf Homologe zu <strong>Gpr1</strong>p identifiziert<br />
werden. S. cerevisiae enthält dagegen nur drei <strong>Gpr1</strong>p-Orthologe (Ycr010cp, Ydr384cp<br />
und Ynr002cp). Die in Y. lipolytica zu <strong>Gpr1</strong>p-homologen Proteine wurden nach ihrem Homologiegrad<br />
zu <strong>Gpr1</strong>p als Gpr2p bis Gpr6p (Gpr2p: homologes <strong>Gpr1</strong>p-Protein weist höchste<br />
Homologität zu <strong>Gpr1</strong>p auf) bezeichnet (Tab. 12).<br />
Die Orthologen Ycr010cp und Ynr002cp aus S. cerevisiae sind zu 47 % identsch zu <strong>Gpr1</strong>p,<br />
Ydr384cp weist dagegen nur eine Identität <strong>von</strong> 29 % auf.<br />
Ein Alignment <strong>der</strong> <strong>Gpr1</strong>p-Homologen bzw. –Orthologen in Y. lipolytica und S. cerevisiae, das<br />
mit Hilfe des Programms ClustalW 5 (Thompson et al., 1994) erstellt wurde, ist in Abb. 5 dargestellt.<br />
Abb. 4 zeigt den phylogenetischen Baum <strong>der</strong> im Alignment verglichenen Proteine. Aus dieser<br />
Abbildung ist ersichtlich, dass das <strong>Gpr1</strong>-Protein aus Y. lipolytica nah verwandt zu Ycr010cp<br />
und Ynr002cp aus S. cerevisiae ist. Alle an<strong>der</strong>en <strong>Gpr1</strong>p-Homologen bzw. das <strong>Gpr1</strong>p-<br />
Orthologe Ydr384cp nehmen eine geson<strong>der</strong>te Stellung ein.<br />
1 http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=IPR000791<br />
2 http://expasy.ch/tools/blast/<br />
3 http://www.ebi.ac.uk/fasta33/index.html<br />
4 http://cbi.labri.fr/Genolevures/<br />
5 http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_clustalw.html<br />
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