Funktionelle Analyse von Proteinen der Gpr1/Fun34/yaaH ...
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Potentielle Modifizierungsorte und Familienmotiv <strong>von</strong> Ynr002cp<br />
MSDREQSSGN TAFENPKALD SSEGEFISEN NDQSRHSQES ICKIYTAGKN NEYIYIGRQK<br />
FLRDDLFEAF GGTLNPGLAP APVHKFANPA PLGLSGFALT TFVLSMFNAR AQGITIPNVV<br />
VGCAMFYGGL VQLIAGIWEI ALENTFGGTA LCSFGGFWLS FGAIYIPWFG ILDAYKDKES<br />
DLGNALGFYL LGWALFTFGL SVCTMKSTIM FFALFFLLAV TFLLLSIANF TGEVGVTRAG<br />
GVLGVIVAFI AWYNAYAGIA TRQNSYIMVH PFALPSNDKV FF<br />
GPR1/FUN34/<strong>yaaH</strong>-Familienmotiv: NPAPLGLSGF (88-97)<br />
Proteinkinase C-Phosphorylierungsorte:SDR (2-4) TMK (204-206)<br />
Caseinkinase II-Phosphorylierungsorte: SDRE (2-5)<br />
TAFE (11-14)<br />
SEGE (22-25)<br />
Tyrosinkinase-Phos phorylierungsort: KNNEYIY (49-55)<br />
N-Myristylierungsorte: GTALCS (148-153) GVTRAG (235-240)<br />
GILDAY (170-175) GGVLGV (240-245)<br />
GNALGF (183-188) GVIVAF (244-249)<br />
GLSVCT (199-204)<br />
N-Glycosylierungsort: NFTG (229-232)<br />
Ergebnisse<br />
Abb. 8: Potentielle Modifizierungsorte und Familienmotiv <strong>der</strong> <strong>Gpr1</strong>/<strong>Fun34</strong>/<strong>yaaH</strong>-Proteinfamilie<br />
<strong>von</strong> Ynr002cp. Grau unterlegt sind potentiell membranspannende Domänen,<br />
die mit dem Programm HMMTOP (http://www.enzim.hu/hmmtop/) ermittelt wurden.<br />
3.2 Das <strong>Gpr1</strong>-Protein in Yarrowia lipolytica<br />
3.2.1 Identifizierung möglicher Interaktionspartner <strong>von</strong> <strong>Gpr1</strong>p<br />
Es gibt verschiedene Methoden, mögliche Interaktionspartner <strong>von</strong> <strong>Proteinen</strong> zu identifizieren.<br />
Die Suche nach mit <strong>Gpr1</strong>p interagierenden <strong>Proteinen</strong> wird insbeson<strong>der</strong>e dadurch erschwert,<br />
dass <strong>Gpr1</strong>p einen hohen Anteil hydrophober und potentiell membranspannen<strong>der</strong> Bereiche<br />
enthält. Aus diesem Grund hat Gentsch (2003) in seiner Arbeit nur den hydrophilen N- bzw.<br />
C-Terminus <strong>von</strong> <strong>Gpr1</strong>p in Bindungsstudien (Coimmunopräzipitation) untersucht. Allerdings<br />
konnten mit dieser Methode keine <strong>Gpr1</strong>p-Wechselwirkungspartner identifiziert werden. Eine<br />
weitere Möglichkeit wäre in einem Two-Hybrid-System (Fields and Song, 1989) nach potentiellen<br />
Interaktionspartnern <strong>von</strong> <strong>Gpr1</strong>p zu suchen. Der Nachweis <strong>von</strong> Proteininteraktionen<br />
setzt jedoch voraus, dass die zu untersuchenden Proteine in den Kern transportiert werden.<br />
Dies ist jedoch ohne Kernlokalisierungssequenz nicht unproblematisch. Außerdem könnten<br />
nur die hydrophilen Bereiche des <strong>Gpr1</strong>p eingesetzt werden, da hydrophobe Bereiche zu<br />
falsch positiven Ergebnissen führen könnten. Dies hat aber den Nachteil, dass Interaktionen,<br />
die über den hydrophoben Bereich des Proteins vermittelt werden, nicht nachgewiesen werden<br />
können. Zum Nachweis <strong>von</strong> Wechselwirkungen zwischen Membranproteinen wäre das<br />
„Split-Ubiquitin“-System (Stagljar et al., 1998) geeignet. Allerdings scheinen alle <strong>von</strong> Gentsch<br />
(2003) durchgeführten Markierungen <strong>von</strong> <strong>Gpr1</strong>p mit verschiedenen Tags ungeeignet, da<br />
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