Funktionelle Analyse von Proteinen der Gpr1/Fun34/yaaH ...

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3 Ergebnisse 3.1 Die Gpr1/Fun34/yaaH-Familie 3.1.1 Datenbankanalyse von Gpr1p dessen Homologen und Orthologen Ergebnisse In Datenbanken (InterPro-Datenbank 1 , NCBI-BLAST-Software 2 und Fasta-Programm 3 ) wurde nach Orthologen des Gpr1-Proteins gesucht. In der InterPro-Datenbank wurde eine Reihe von Proteinen gefunden, die zur Gpr1/Fun34/yaaH-Familie gehören. Die Mitglieder dieser Proteinfamilie besitzen sechs potentiell membranspannende Domänen und enthalten das charakteristische Familienmotiv N-P-[AV]-P-[LF]-G-L-X-[GSA]-F. GPR1-orthologe Gene kommen in vielen Organismen vor, es handelt sich hierbei um Archaebakterien, Eubakterien, einzellige und filamentöse Pilze sowie Algen. Keine Gpr1p-Orthologen konnten in höheren Pflanzen, wirbellosen Tieren und Vertebraten gefunden werden. Die Organismen besitzen ein (z. B. Schizosaccharomyces pombe, Pichia angusta, Chlamydomonas reinhardtii) bis acht (z. B. Candida albicans) Gpr1p-Orthologe. Mit Hilfe der Génolevures 4 Datenbank konnten in Y. lipolytica fünf Homologe zu Gpr1p identifiziert werden. S. cerevisiae enthält dagegen nur drei Gpr1p-Orthologe (Ycr010cp, Ydr384cp und Ynr002cp). Die in Y. lipolytica zu Gpr1p-homologen Proteine wurden nach ihrem Homologiegrad zu Gpr1p als Gpr2p bis Gpr6p (Gpr2p: homologes Gpr1p-Protein weist höchste Homologität zu Gpr1p auf) bezeichnet (Tab. 12). Die Orthologen Ycr010cp und Ynr002cp aus S. cerevisiae sind zu 47 % identsch zu Gpr1p, Ydr384cp weist dagegen nur eine Identität von 29 % auf. Ein Alignment der Gpr1p-Homologen bzw. –Orthologen in Y. lipolytica und S. cerevisiae, das mit Hilfe des Programms ClustalW 5 (Thompson et al., 1994) erstellt wurde, ist in Abb. 5 dargestellt. Abb. 4 zeigt den phylogenetischen Baum der im Alignment verglichenen Proteine. Aus dieser Abbildung ist ersichtlich, dass das Gpr1-Protein aus Y. lipolytica nah verwandt zu Ycr010cp und Ynr002cp aus S. cerevisiae ist. Alle anderen Gpr1p-Homologen bzw. das Gpr1p- Orthologe Ydr384cp nehmen eine gesonderte Stellung ein. 1 http://www.ebi.ac.uk/interpro/DisplayIproEntry?ac=IPR000791 2 http://expasy.ch/tools/blast/ 3 http://www.ebi.ac.uk/fasta33/index.html 4 http://cbi.labri.fr/Genolevures/ 5 http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_clustalw.html 52
Ergebnisse Tab. 12: Homologe Proteine zu Gpr1p in Y. lipolytica. Angegeben ist der in dieser Arbeit festgelegte Name der Proteine, deren Datenbanknummern, sowie der Homologiegrad (identische Aminosäuren) zu Gpr1p. Gpr-Protein EMBL-Gen-Nummer 1 Homologiegrad zu Gpr1p Gpr1p YALI0C23617g - Gpr2p YALI0E27291g 43 % Gpr3p YALI0F13145g 43 % Gpr4p YALI0C23298g 41 % Gpr5p YALI0F16225g 40 % Gpr6p YALI0E12837g 40 % Yl Gpr3p Yl Gpr2p Yl Gpr5p Yl Gpr4p Yl Gpr6p Abb. 4: Der phylogenetische Baum der Gpr1p-Homologen aus Y. lipolytica (Yl) und Gpr1p- Orthologen aus S. cerevisiae (Sc) wurde mit Hilfe der Programme ClustalX-1.81 (Thompson et al., 1997) und TreeView 1.6.6 2 erstellt. 1 http://www.ebi.a.uk 2 http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html Yl Gpr1p Sc Ycr010cp Sc Ynr002cp Sc Ydr384cp 0.1 (Die Aminosäuresequenzen weisen 10 % Unterschiede auf) 53
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Lebenslauf Name: Margret Kuschel Ge
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