Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

II. Mat é r i e l s e t m é t h o d e sdonnées morphologiques sont issues des travaux de Grandcolas (1993b, 1998). Les donnéesmoléculaires ont été acquises suivant les protocoles décrits en II.2.1. Constitution du jeu dedonnées.Même si les répertoires comportementaux sont très semblables entre les différentesespèces et ne peuvent donc contenir une grande information phylogénétique, leur analyse a étéeffectuée pour servir de point de comparaison (analyse A). En utilisant la méthode de l’eventpairingsuccessif, une seconde analyse phylogénétique a été réalisée en utilisant les caractèresprésence-absence des transitions comportementales (analyse B). Dans une troisième analyse(analyse C), les caractères fondés sur les fréquences des transitions ont été ajoutés au jeu dedonnées B. Les données morphologiques et moléculaires (portions de 16S, 18S et 28S) ontété utilisées pour l’analyse phylogénétique D. Les séquences moléculaires, qui présententune faible variation de longueur, ont été alignées à l’aide de Muscle 3.6 (Edgar, 2004). Enfin,l’ensemble des données comportementales, les données morphologiques et moléculaires ontété combinées dans l’analyse E. Tous les caractères avaient le même poids et étaient codésnon additifs. Toutes les analyses cladistiques ont été réalisées sous PAUP4.0b10 (Swofford,1998) avec une recherche exhaustive assurant d’atteindre l’arbre le plus parcimonieux. Lesindices de cohérence (Kluge et Farris, 1969) et de rétention (Farris, 1989) ainsi que le nombrede caractères informatifs ont été rapportés. Les valeurs de Bremer ont été calculées à l’aide dulogiciel TreeRot.v2b (Sorenson, 1999). Les analyses C et E contiennent des caractères basés surles fréquences et incluent donc des caractères inapplicables. Si une transition comportementalen’est pas observée chez une ou plusieurs espèces, le caractère fréquentiel relié à cette transitionn’est pas applicable pour cette ou ces espèces. Ces caractères sont codés avec un trait d’union(‘-‘) dans les matrices mais sont traitées comme des données manquantes lors de la recherchede l’arbre. Ce codage dit « réductif » reflète le mieux l’information contenue dans les données(Strong et Lipscomb, 1999).85