Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

II. Mat é r i e l s e t m é t h o d e sL’inférence bayésienne inverse le problème. En ayant recours à des hypothèses a priori,elle maximise la probabilité d’un arbre en fonction des données. Ceci apparaît plus en adéquationavec le but d’une analyse phylogénétique et pourrait expliquer en partie pourquoi cetteméthodologie s’est de plus en plus développée. Toutefois, l’utilisation d’hypothèses a priorien inférence bayésienne a récemment été très fortement critiquée (Pickett et Randle, 2005 ;Randle et Pickett, 2006). En effet, les auteurs précédents ont montré que le choix des donnéesa priori pouvait avoir un impact important sur le résultat phylogénétique. Pourtant, cesdonnées a priori ne sont jamais connues et ne peuvent donc être établies de manière réellementpertinente.La dimension spéculative des analyses probabilistes et l’irréalisme des modèles invoquésconstituent à mes yeux les défauts majeurs de ces approches. Le premier défaut est clairementénoncé dans la citation suivante :“If we knew, for instance, that transitions were always exactly three times as frequent astransversions, it would be foolish not to use this information in phylogenetic reconstruction.(…).Unfortunately, as yet, we lack this kind of insight” (Wheeler, 1990).Les approches probabilistes ne seront donc pas retenues dans cette étude. Toutefoiscertains résultats obtenus suivant ce paradigme seront présentés en annexes.DzDz Stratégie d’analyseLe nombre de topologies différentes qu’il est possible de reconstruire est dépendant dunombre de taxons. Ainsi pour une matrice composée de t taxons, il existe(2t - 3) ! / [2 t-2 (t-2) !]topologies enracinées différentes (Wheeler et al., 2006). Explorer l’ensemble de ces topologies65