Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

Ev o l u t i o n d u c o m p o r t e m e n t s o c i a l(Millipore®) puis séquencés, en utilisant l’ABI Big Dye 3.1®, avec le profil de séquençagesuivant : 27 cycles de 96°C pendant 10 secondes, 50°C pendant 5 secondes et 60°C pendant 4minutes. Les produits de réaction de séquençage ont été purifiés sur colonne Sephadex TM puisséquencés à l’aide d’un séquenceur ABI 3730XL DNA.La qualité de chaque séquence a été évaluée à l’aide de recherches de type « blast »(Altschul et al., 1997) telles qu’implémentées sur le site Internet NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), puis elles ont été éditées dans le logiciel Sequencher® 4.0 (Genecodes, 1999)en prenant soin de vérifier l’absence de codons stop dans les séquences codantes.II.2.2. Concepts et méthodes phylogénétiquesDzDz Hypothèses d’homologie et notion d’alignementDepuis très longtemps, de très nombreuses méthodes ont été avancées afin de classerle vivant (Lecointre et Le Guyader, 2001). Durant les années 1950, Willi Hennig a défini lesfondements de la méthode cladistique ou systématique phylogénétique, méthode toujoursutilisée à l’heure actuelle afin de reconstruire les relations de parenté entre taxons (Hennig,1950, 1966). Cette méthode exploite le principe de « descendance avec modification » afin dedéfinir des groupes monophylétiques, c’est-à-dire des groupes comprenant un ancêtre communet tous ses descendants. En effet, l’établissement de ces groupes repose sur l’identificationd’états de caractères hérités d’un ancêtre commun. N’ayant pas accès à l’histoire évolutive dechaque caractère et de ses états, définir un groupe monophylétique revient à faire l’hypothèseque les états de caractères X iobservés sur les taxons sont hérités d’un ancêtre commun : ils’agit d’une hypothèse d’homologie. De Pinna (1991) différentiera cette hypothèse réalisée apriori de la reconstruction de l’arbre phylogénétique de l’hypothèse réalisée a posteriori de cettemême reconstruction en les nommant respectivement, hypothèses d’homologie « primaire »et « secondaire » (1991). Comme l’a clairement expliqué Patterson (1988), on réalise des60