Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

III. Réversibilité, c o n t r a i n t e s e t e x a p t a t i o n c h e z l e s b l at t e s z e t o b o r i n a eEspèces Familles Sous-familles 12S 16S 18S 28S COI COIIGenre non identifié Blaberidae PanesthiinaeSalganea esakii Blaberidae PanesthiinaeLaxta sp Blaberidae PerisphaeriinaePseudoglomeris sp Blaberidae PerisphaeriinaeTrichoblatta pygmaea Blaberidae PerisphaeriinaePycnoscelus surinamensis Blaberidae PycnoscelinaeLanxoblatta emarginata Blaberidae ZetoborinaeParasphaeria boleiriana Blaberidae ZetoborinaePhortioeca nimbata Blaberidae ZetoborinaeSchultesia lampyridiformis Blaberidae ZetoborinaeThanatophyllum akinetum Blaberidae ZetoborinaeZetobora sp Blaberidae ZetoborinaeDzDz Méthodes phylogénétiquesLes analyses phylogénétiques ont été réalisées en utilisant la méthode d’optimisationdirecte (Wheeler, 1996), telle qu’elle est implémentée dans le programme POY 4 (Wheeler etal., 2006). Les analyses séparées et combinées ont été réalisées sur divers postes informatiquesindividuels et diverses versions de POY 4 ont été utilisées, ce dernier étant en cours dedéveloppement. Cependant, l’utilisation de différentes versions n’a engendré aucun biais dansles résultats d’analyse. Les séquences de la grande sous-unité ribosomique nucléaire (28S)ont été partitionnées en quatre fragments (approximativement les régions A, B, C et DEF)correspondant aux quatre régions séquencées séparément et non chevauchantes. Toutes lesséquences ribosomiques (12S, 16S, 18S et 28S) ont été alignées de manière préliminaire avecMuscle v3.6 (Edgar, 2004), puis les séquences de 16S, de18S, de 28SA et de 28SDEF ont étépartitionnées en fonction de régions hautement conservées. Cette pratique permet de réduirele temps de traitement des analyses phylogénétiques et évite au logiciel de considérer, à tort,des portions de séquences comme homologues en cas de données manquantes. La stratégie derecherche pour chaque analyse séparée a consisté à construire 100 arbres de Wagner sur lesquelsdu réarrangement de branches (TBR) a été effectué. Les 100 arbres ainsi obtenus étaient alors107