PhylogÃ©nie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

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Ev o l u t i o n d u c o m p o r t e m e n t s o c i a lIC = R / L et IR = (G - L) / (G - R)où R est le nombre minimum de transformations nécessaires pour expliquer les états de tous lescaractères, L est la longueur de l’arbre et G est le nombre maximum de transformations requispar les données quelque soit la structure de l’arbre (Darlu et Tassy, 1993). Ils constituent unemesure du taux d’homoplasie contenu dans le jeu de données. Ce sont des indices purementdescriptifs et en aucun cas, une valeur de CI ou de RI ne serait un gage de qualité ou demédiocrité d’un résultat.Pourtant, l’arbre retenu n’étant qu’une hypothèse phylogénétique, il pourrait êtreappréciable de savoir à quel point on peut avoir confiance dans cette hypothèse. C’est danscette perspective que des valeurs de soutien et de robustesse des clades ont été définies.ǲǲ Valeurs de soutien : Bootstrap, Jackknife et Bremer<strong>Les</strong> méthodes de Bootstrap et de Jackknife sont des méthodes dites de ré-échantillonnage.Leur principe consiste à modifier la matrice initiale puis à calculer l’arbre optimal pour cettenouvelle matrice. Cette opération est répétée à de multiples reprises (souvent 100 ou 1000 fois)et le nombre d’occurrences de chaque clade pour toutes les itérations est enregistré. Ainsi,si un clade X est retrouvé à 950 reprises sur les 1000 réplications réalisées, alors il se verraattribuer une valeur de Bootstrap de 95 (ces valeurs étant classiquement exprimées en termede pourcentage). La différence entre Bootstrap et Jackknife tient à la manière dont les matricessont modifiées.Pour le Bootstrap chaque caractère de la matrice est repondéré. On obtient donc unematrice de dimensions similaires à la matrice originelle (Felsenstein, 1985). Cependant certainscaractères peuvent avoir un poids nul et d’autres un poids élevé. Ceci revient donc à effectuerun tirage avec remises des caractères de la matrice originelle.Le Jackknife peut être réalisé sur les caractères ou sur les taxons mais le principe est le68
II. Mat é r i e l s e t m é t h o d e smême quelque soit la cible : seule une portion des caractères (ou des taxons) est retenue pourla constitution de la nouvelle matrice (Farris et al., 1996). Ceci revient à rechercher un arbre àpartir d’une quantité de données inférieure à la quantité réellement disponible.L’indice de Bremer repose sur unephilosophie très différente dans laquelle lamatrice n’est pas modifiée (Bremer, 1988).L = 10YTopologie optimaleParadicta_rotundaParasphaeria_spZetobora_spCette méthode se concentre sur les arbressous-optimaux, c’est-à-dire les arbres quiZSchultesia_lampyridiformisPhortioeca_nimbataLanxoblatta_emarginataont une longueur supérieure à celle de l’arbreoptimal. Le principe consiste à évaluer àL = 11Topologie sous-optimale IParasphaeria_sppartir de quelle longueur d’arbre un claden’est pas retrouvé. Dans la Figure 2.11, leZParadicta_rotundaZetobora_spSchultesia_lampyridiformisclade Y n’est pas retrouvé dans la topologiesous-optimale I. L’indice de Bremer associéà ce clade est donc de 1 (i.e. 11-10). Quantau clade Z, il est retrouvé dans la topologiesous-optimale I, mais pas dans la topologieL = 14Phortioeca_nimbataLanxoblatta_emarginataTopologie sous-optimale IIParadicta_rotundaZetobora_spParasphaeria_spSchultesia_lampyridiformissous-optimale II. Son indice de Bremerest donc de 4 (i.e. 14-10). Plus l’indice deBremer d’un clade est élevé, plus ce clade estsupporté par les données. Plus récemment,les valeurs de Bremer partitionné ont étéproposées (Baker et DeSalle, 1997). EllesPhortioeca_nimbataLanxoblatta_emarginataFigure 2.11 : Exemple de valeur de soutien : la valeur de Bremer.Le clade Y (branche violette) n’est pas retrouvée dans la topologiesous-optimale de 11 pas ; sa valeur de Bremer est donc de 1seulement (11 - 10 = 1). Le clade X (en vert) est retrouvé dansla topologie sous-optimale I, mais pas dans la II ; sa valeur deBremer est de 4 (14 - 10 = 4). Le clade (Phortioeca Lanxoblatta)est retrouvé dans chaque topologie ; sa valeur de Bremer estdonc supérieure à 4.correspondent aux valeurs de Bremer des différents clades pour chaque partition de caractères.Ainsi dans les analyses dites combinées où plusieurs marqueurs sont utilisés, les valeurs de69
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Je remercie toutes les personnes av
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