Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

Ev o l u t i o n d u c o m p o r t e m e n t s o c i a lIC = R / L et IR = (G - L) / (G - R)où R est le nombre minimum de transformations nécessaires pour expliquer les états de tous lescaractères, L est la longueur de l’arbre et G est le nombre maximum de transformations requispar les données quelque soit la structure de l’arbre (Darlu et Tassy, 1993). Ils constituent unemesure du taux d’homoplasie contenu dans le jeu de données. Ce sont des indices purementdescriptifs et en aucun cas, une valeur de CI ou de RI ne serait un gage de qualité ou demédiocrité d’un résultat.Pourtant, l’arbre retenu n’étant qu’une hypothèse phylogénétique, il pourrait êtreappréciable de savoir à quel point on peut avoir confiance dans cette hypothèse. C’est danscette perspective que des valeurs de soutien et de robustesse des clades ont été définies.DzDz Valeurs de soutien : Bootstrap, Jackknife et BremerLes méthodes de Bootstrap et de Jackknife sont des méthodes dites de ré-échantillonnage.Leur principe consiste à modifier la matrice initiale puis à calculer l’arbre optimal pour cettenouvelle matrice. Cette opération est répétée à de multiples reprises (souvent 100 ou 1000 fois)et le nombre d’occurrences de chaque clade pour toutes les itérations est enregistré. Ainsi,si un clade X est retrouvé à 950 reprises sur les 1000 réplications réalisées, alors il se verraattribuer une valeur de Bootstrap de 95 (ces valeurs étant classiquement exprimées en termede pourcentage). La différence entre Bootstrap et Jackknife tient à la manière dont les matricessont modifiées.Pour le Bootstrap chaque caractère de la matrice est repondéré. On obtient donc unematrice de dimensions similaires à la matrice originelle (Felsenstein, 1985). Cependant certainscaractères peuvent avoir un poids nul et d’autres un poids élevé. Ceci revient donc à effectuerun tirage avec remises des caractères de la matrice originelle.Le Jackknife peut être réalisé sur les caractères ou sur les taxons mais le principe est le68