Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

Ev o l u t i o n d u c o m p o r t e m e n t s o c i a ldevient impossible pour un nombre de taxons dépassant la dizaine. Il faut donc avoir recoursà des méthodes heuristiques. Cependant, la recherche de l’arbre optimal est un problèmedit « NP-complet », c’est-à-dire pour lequel aucune solution polynomiale n’est connue. Pourmaximiser les chances d’atteindre l’arbre optimal, on élabore alors une stratégie d’analysecombinant divers algorithmes. Ces algorithmes peuvent être divisés en deux grandes catégoriesen fonction de leur spectre d’action. La première catégorie est composée d’algorithmes ayantune action locale. Ils permettent d’avoir accès à un optimum local mais sont d’une efficacitémédiocre quant à l’accès à l’optimum global pour de larges matrices. Ce sont des algorithmesde réarrangement de branches parmi lesquels figurent entre autres le « Subtree PruningRegrafting » (SPR) et le « Tree Bisection Reconnection » (TBR). Leur fonctionnement consisteà détacher une branche pour la recoller sur une autre branche de l’arbre (Figure 2.10). Du faitde leur action locale, une première stratégie d’analyse consiste à multiplier les points de départFigure 2.10 : Fonctionnement de l’algorithme de « Tree Bisection Reconnection ». Une branche est casséepuis les deux fragments d’arbre sont assemblés en connectant l’une des branches du premier fragment sur unebranche du second fragment (d’après Felsenstein, 2004).66