Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

III. Réversibilité, c o n t r a i n t e s e t e x a p t a t i o n c h e z l e s b l at t e s z e t o b o r i n a eUne analyse additionnelle en maximum de vraisemblance (ML) a été réalisée surle jeu de données moléculaires combinées. Les séquences nucléotidiques ont été alignées àl’aide du logiciel Muscle v3.6 (Edgar, 2004) et en tenant compte du cadre de lecture pour lesséquences codantes (COI et COII). Modeltest v3-06 (Posada et Crandall, 1998) a été utilisépour déterminer le model s’ajustant le mieux aux données. Le modèle GTR (General TimeReversible) avec une proportion de sites invariants et un taux de variation entre sites distribuéselon une loi gamma (GTR + I + G) s’est révélé être le meilleur modèle parmi les modèlesétudiés. La topologie optimale et les valeurs de Bootstrap pour 100 réplications ont été calculéesavec PHYML v2.4.4 (Guindon et Gascuel, 2003). Le détail des commandes utilisées est fournidans l’Annexe VI.III.2.3. RésultatsDzDz Analyses séparéesSix marqueurs ont été retenus pour cette étude, 154 séquences ont été générées au coursde ce travail et 67 séquences ont été récupérées sur Genbank (Tableau III.3). Chaque taxondépourvu de données manquantes est donc documenté par environ 6800 paires de bases. Leslongueurs moyennes de chaque séquence ou fragment sont fournies dans le Tableau III.3,ainsi que les distances moyennes entre séquences. Lorsque ces distances sont normalisées enfonction de la longueur des séquences (Tableau III.3), nous obtenons une valeur témoignantdu degré de conservation de chaque séquence (ou fragment). Sur les 21 fragments définis, 11des 12 les plus conservés correspondent à des portions du 18S ou du 28S. On s’attend doncà ce que ces deux marqueurs soient particulièrement informatifs pour les nœuds les plusprofonds de l’arbre. Toutefois il est intéressant de noter que trois des six fragments les moinsconservés appartiennent également au 28S. Enfin, 12S et COII ont des degrés de conservationéquivalents.109