Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

II. Mat é r i e l s e t m é t h o d e s(arbres de Wagner) avant d’appliquer ces algorithmes afin d’explorer une plus grande partiede l’espace des possibles : c’est la stratégie « RAS + TBR » où RAS signifie « Random AdditionSequence » (addition aléatoire des séquences). La seconde catégorie d’algorithmes a un spectred’action beaucoup plus large. Ils permettent de s’extraire d’un optimum local et augmententainsi les chances d’atteindre l’optimum global. Dans cette catégorie d’algorithmes figurententre autres le « Tree Fusing » et le « Ratchet ». Le Tree Fusing (Goloboff, 1999) consiste àéchanger des secteurs de composition identique mais de structure différente entre deux arbres.Le Ratchet, proposé par Nixon (1999), perturbe le jeu de données en modifiant les pondérationsdes caractères. Une recherche locale de type TBR est alors réalisée jusqu’à ce qu’un optimumsoit trouvé puis les pondérations d’origine sont rétablies et une nouvelle recherche locale esteffectuée. Les changements de pondérations permettent de sortir d’un optimum local, ce quifait du Ratchet un algorithme très puissant dans la quête de l’optimum global.Ces différents algorithmes seront utilisés dans cette étude mais ne constituent pas uneliste exhaustive des algorithmes utilisés en phylogénie (voir Goloboff, 1999 par exemple).II.2.3. Robustesse, soutien et indices associés aux arbresDzDz Longueur d’arbre, indices de cohérence et de rétentionEn analyse de parcimonie, l’arbre optimal est celui qui a la longueur la plus courte, c’està-direcelui pour lequel le minimum d’évènements est inféré. Dans le paradigme probabilistel’arbre optimal n’est pas évalué en fonction de sa longueur mais en fonction de sa probabilité(ou plus précisément en fonction du logarithme de sa vraisemblance qui est proportionnelà sa probabilité). Deux indices sont classiquement associés à chaque arbre en analyse deparcimonie : les indices de cohérence (IC) et de rétention (IR). Ces indices ont été définis parKluge et Farris (1969 - IC) et Farris (1989 - IR) selon les formules suivantes :67