Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

II. Mat é r i e l s e t m é t h o d e shypothèses d’homologie (homologies primaires) qui sont soumises au test de congruence lors dela recherche de la topologie optimale. Alors, les hypothèses d’homologie sont soit corroborées(homologie secondaire) soit réfutées (homoplasie).Historiquement, les premiers caractères utilisés pour la reconstruction phylogénétiqueont été des caractères morphologiques. Pour réaliser les hypothèses d’homologie, les auteursavaient recours essentiellement à des critères de connexion, critère hérité du principe deconnexion de Geoffroy Saint-Hilaire (1818, 1830 dans Kluge, 2007). Remane (1952) redéfinirace critère sous l’appellation de critère de position, auquel il ajoutera les critères de qualité spécialeet de connexion par intermédiaires. Les caractères morphologiques étant intégrés dans unestructure tridimensionnelle et pouvant refléter de nombreux états, le phylogénéticien disposede nombreux points de repère et d’indices afin d’établir ses hypothèses d’homologie (Figure2.7). Toutefois, il existe de nombreux cas de figure où postuler des hypothèses d’homologiepour des caractères morphologiques reste une tâche ardue.Figure 2.7 : Hypothèse d’homologie portant sur le radius (en orange) formulée grâce au critère de position. Légende : ba :basipode ; sd : stylopode ; ze : zeugopode (d’après Lecointre et Le Guyader, 2001).Aujourd’hui, grâce aux avancées technologiques et méthodologiques, les phylogénéticiensont de plus en plus souvent recours aux caractères moléculaires et notamment aux séquencesnucléotidiques. Avec l’utilisation de ces caractères, s’est développée la notion d’alignement. Un61