Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

IV. Ev o l u t i o n d e s c a s t e s d’o u v r i e r s c h e z l e s t e r m i t e sétaient alors soumis à l’algorithme de « tree fusing ». Quatre jeux de paramètres différents (111,211, 221 et 421) ont été utilisés pour chaque marqueur afin d’évaluer la stabilité des analysesséparées. Les marqueurs codants pour des protéines ont été analysés avec le logiciel TNT(Goloboff et al., 2003). Là encore, 100 réplications ont été effectuées avec du réarrangement debranches (TBR) et couplées aux algorithmes de « tree fusing » et de « ratchet ». Les commandessont fournies en Annexe VI sachant que les principales commandes utilisées dans POY étaientles suivantes :‘read (“fichiers_de_données”)transform (tcm:(1,1))build (all, 100)swap (all)fuse (iterations : 300, swap (all))select ()’Les analyses combinées ont été menées en parallèle sur un cluster de la Brigham YoungUniversity (Dell 1855 Blade Cluster, 1260 Pentium EM64T Xeon processors @ 3,6 GHz,610 compute nodes, 2520 GB de mémoire totale). Les marqueurs codants pour des protéines(Cytochrome Oxydase sous-unités I et II et Cytochrome b) ont été alignés en fonction du cadrede lecture des codons à l’aide du programme Sequencher 4.0 (Genecodes, 1999) et traités en tantque données préalignées dans POY (option « prealigned »). Les séquences de la grande sousunitéribosomale nucléaire (28S) ont été partitionnées en quatre fragments (approximativementles régions A, B, C et DEF) correspondant aux quatre régions séquencées séparément et nonchevauchantes. Toutes les séquences ribosomales (12S, 16S, 18S et 28S) ont été alignées demanière préliminaire avec Muscle v3.6 (Edgar, 2004), puis les séquences de 16S, de18S, de28SA et de 28SDEF ont été partitionnées en fonction de régions hautement conservées. Cettepratique permet de réduire le temps de traitement des analyses phylogénétiques et évite au179