Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

IV. Ev o l u t i o n d e s c a s t e s d’o u v r i e r s c h e z l e s t e r m i t e sutilisé pour déterminer le model s’ajustant le mieux aux données. Le modèle GTR (GeneralTime Reversible) avec une proportion de sites invariants et un taux de variation entre sitesdistribué selon une loi gamma (GTR + I + G) s’est révélé être le meilleur modèle parmi lesmodèles étudiés. Pour l’analyse réalisée en maximum de vraisemblance, les valeurs de Bootstrappour 1000 réplications ont été calculées avec PHYML v2.4.4. Dans l’analyse bayésienne, lesparamètres du modèle GTR + I + G ont été estimés indépendamment pour chaque marqueurmoléculaire durant la recherche de la topologie optimale. Les commandes de ces deux analysessont fournies dans l’Annexe VI.IV.2.3. RésultatsDzDz Analyses séparéesSept marqueurs ont été retenus pour cette étude et 269 séquences ont été générées aucours de ce travail (Tableau IV.2). 61 séquences ont été récupérées sur Genbank ou ont étéaimablement fournies par Gavin Svenson. Chaque taxon dépourvu de données manquantesest donc documenté par environ 7000 paires de bases. Les longueurs moyennes de chaqueséquence ou fragment sont fournies dans le Tableau IV.2, ainsi que les distances moyennesentre séquences. Lorsque ces distances sont normalisées en fonction de la longueur desséquences (Tableau IV.2), nous obtenons une valeur témoignant du degré de conservationde chaque séquence (ou fragment). Sur les 27 fragments définis, les 16 les plus conservéscorrespondent à des portions du 18S ou du 28S. On s’attend donc à ce que ces deux marqueurssoient particulièrement informatifs pour les nœuds les plus profonds de l’arbre. Toutefois il estintéressant de noter que trois des cinq fragments les moins conservés appartiennent au 28S. Demême, 12S et Cytochrome b ont des degrés de conservation équivalents.181