Phylogénie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

Ev o l u t i o n d u c o m p o r t e m e n t s o c i a lsoumis à l’algorithme de « tree fusing ». Les marqueurs codants pour des protéines (CytochromeOxydase sous-unités I et II) ont été alignés en fonction du cadre de lecture des codons à l’aidedu programme Sequencher 4.0 (Genecodes, 1999) et analysés avec le logiciel TNT (Goloboffet al., 2003). Là encore, 100 réplications ont été effectuées avec du réarrangement de branches(TBR) et couplées aux algorithmes de « tree fusing » et de « ratchet ». Quatre jeux de paramètresdifférents (111, 211, 221 et 421) ont été utilisés pour chaque marqueur afin d’évaluer la stabilitédes analyses séparées. Le COI étant dépourvu d’indels, seuls deux jeux de paramètres ont ététestés pour ce marqueur. Les commandes utilisées sont fournies en Annexe VI.Les principales commandes de l’analyse combinée étaient les suivantes :‘read (“fichiers_de_données”)transform (tcm:(1,1))build (all, 100)swap (all)fuse (iterations :300, swap (all))select ()’Une analyse de sensibilité a été conduite afin de tester la stabilité des résultatsphylogénétiques en fonction de différents coûts d’évènements d’insertion-délétion et desubstitution. Quatre jeux de paramètres (gap : transversion : transition) ont ainsi été utilisés :111, 211, 221 et 421.Les valeurs de Bremer pour l’analyse combinée réalisée avec les paramètres 111 ont étécalculées. Après obtention de la topologie optimale, la commande « report (ia) » a été utilisée afinde générer un alignement impliqué pour chaque marqueur. Les valeurs de Bremer partitionnéont alors été calculées pour chaque clade à l’aide notamment des commandes « constraints »,« converse » et « enforce » dans Paup 4.0b10 (Swofford, 1998). De telles commandes correspondentà l’utilisation par défaut de TreeRot.v2b (Sorenson, 1999).108