PhylogÃ©nie Et Evolution Du Comportement Social Chez Les Blattes ...

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Ev o l u t i o n d u c o m p o r t e m e n t s o c i a llogiciel de considérer, à tort, des portions de séquences comme homologues en cas de donnéesmanquantes.Les paramètres de l’analyse combinée étaient les suivants :‘-fitchtrees -numslaveprocesses 50 -onan -onannum 1 -parallel -noleading-norandomizeoutgroup -sprmaxtrees 1 -impliedalignment -tbrmaxtrees 1 -maxtrees 5-holdmaxtrees 25 -slop 25 -checkslop 10 -buildspr -buildmaxtrees 2 -replicates 100 -stopat50 -multirandom -treefuse -fuselimit 10 -fusemingroup 5 -fusemaxtrees 50 -ratchetspr 2-ratchettbr 2 -checkslop 10 -repintermediate -terminalsfile taxa.txt -minterminals 10 -time-indices -stats -molecularmatrix 111.txt -seed -1 -phastwincladfile termites111.wcl’Une analyse de sensibilité a été conduite afin de tester la stabilité des conclusionsphylogénétiques en fonction de différents coûts d’évènements d’insertion-délétion et desubstitution. Dix jeux de paramètres (gap : transversion : transition) ont été testés ainsi : 111,222 (avec un coût d’extension des gaps de 1), 211, 221, 421 et 16-41 avec un coût d’extensiondes gaps égal à leur coût d’ouverture et deux fois moins élevé que celui-ci pour ces quatrederniers paramètres (appelés ensuite 211x, 221x, 421x, 16-41x). Les valeurs de Bootstrap pour1000 réplications (Felsenstein, 1985), et celles de Bremer et de Bremer partitionné (Bremer,1988, 1994; Baker et DeSalle, 1997) ont été calculées à l’aide de PAUP 4.0b10 (Swofford, 1998)et TreeRot.v2b (Sorenson, 1999), respectivement. Pour ce faire, l’alignement impliqué fournipar POY a été utilisé. Les paramètres par défaut ont été utilisés dans TreeRot.v2b.Deux analyses additionnelles ont été réalisées à partir d’alignements statiques obtenusvia le logiciel Muscle v3.6 avec les paramètres par défaut. L’analyse bayésienne a été conduiteà l’aide du logiciel MrBayes v3.0b4 (Huelsenbeck et Ronquist, 2001), alors que PHYMLv2.4.4 (Guindon et Gascuel, 2003) a été utilisé pour l’analyse effectuée en maximum devraisemblance. Pour chacune de ces analyses, Modeltest v3-06 (Posada et Crandall, 1998) a été180
IV. Ev o l u t i o n d e s c a s t e s d’o u v r i e r s c h e z l e s t e r m i t e sutilisé pour déterminer le model s’ajustant le mieux aux données. Le modèle GTR (GeneralTime Reversible) avec une proportion de sites invariants et un taux de variation entre sitesdistribué selon une loi gamma (GTR + I + G) s’est révélé être le meilleur modèle parmi lesmodèles étudiés. Pour l’analyse réalisée en maximum de vraisemblance, les valeurs de Bootstrappour 1000 réplications ont été calculées avec PHYML v2.4.4. Dans l’analyse bayésienne, lesparamètres du modèle GTR + I + G ont été estimés indépendamment pour chaque marqueurmoléculaire durant la recherche de la topologie optimale. Les commandes de ces deux analysessont fournies dans l’Annexe VI.IV.2.3. Résultatsǲǲ Analyses séparéesSept marqueurs ont été retenus pour cette étude et 269 séquences ont été générées aucours de ce travail (Tableau IV.2). 61 séquences ont été récupérées sur Genbank ou ont étéaimablement fournies par Gavin Svenson. Chaque taxon dépourvu de données manquantesest donc documenté par environ 7000 paires de bases. Les longueurs moyennes de chaqueséquence ou fragment sont fournies dans le Tableau IV.2, ainsi que les distances moyennesentre séquences. Lorsque ces distances sont normalisées en fonction de la longueur desséquences (Tableau IV.2), nous obtenons une valeur témoignant du degré de conservationde chaque séquence (ou fragment). Sur les 27 fragments définis, les 16 les plus conservéscorrespondent à des portions du 18S ou du 28S. On s’attend donc à ce que ces deux marqueurssoient particulièrement informatifs pour les nœuds les plus profonds de l’arbre. Toutefois il estintéressant de noter que trois des cinq fragments les moins conservés appartiennent au 28S. Demême, 12S et Cytochrome b ont des degrés de conservation équivalents.181
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UFR des Sciences de la VieEcole Doc
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Je remercie toutes les personnes av
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Données moléculaires sans les sé
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