Quantitativer Nachweis von Lawsonia intracellularis mittels real-time ...

4.1.6 Sequenzierung
Ergebnisse
Die Sequenzierung der PCR-Produkte aus den Amplifikationen spezifischer
Genomfragmente von L. intracellularis, die zuvor aus Kotproben isoliert wurden,
ergab in allen 10 Fällen eine Übereinstimmung von 100 % mit einer Sequenz im
Genom von L. intracellularis PHE/MN1-00 (Tab. 39).
Tabelle 39: Ergebnisse der Sequenzierung
Probe
(Nr.)
Länge der Sequenz
(bp)
missings
(bp)
98
e-value
Übereinstimmung
(%)
1 46 0 2x10 -15 100
2 45 0 6x10 -15 100
3 45 0 6x10 -15 100
4 44 0 2x10 -14 100
5 42 0 3x10 -13 100
6 45 0 9x10 -14 100
7 45 0 9x10 -14 100
8 45 0 9x10 -14 100
9 45 0 9x10 -14 100
10 46 0 2x10 -14 100
4.1.7 Klonierung
Die optimale annealing-Temperatur der Primer Ubi-Clon-lang-F und –R, die zur
Herstellung des für die Klonierung vorgesehenen PCR-Produktes synthetisiert
wurden, ist in einer Gradienten-PCR mit anschließender Gelektrophorese überprüft
worden. Die Synthese von PCR-Produkten konnte, visuell beurteilt, ab einer
Temperatur von 60,3 °C in der annealing-Phase nicht weiter gesteigert werden (Abb.
5). Die annealing-Temperatur wurde für die Herstellung des PCR-Produktes
empirisch auf 61,6 °C festgelegt.