Quantitativer Nachweis von Lawsonia intracellularis mittels real-time ...

5.1.7 Wiederfindung
Diskussion
Die Wiederfindungsrate beschreibt die Ausbeute der gesamten
Untersuchungsmethode (WELLMITZ u. GLUSCHKE 2004). Da mittels PCR nur die
DNA amplifiziert werden kann, die auch isoliert worden ist, muss die
Probenaufbereitung in die Entwicklung der Methode eingehen. Nach einer DNA-
Extraktion aus Probenmaterial wird grundsätzlich nicht die gesamte Menge DNA ins
Eluat überführt (BURKARDT 2000). Mit der hier beschriebenen Methode zur
Quantifizierung von L. intracellularis ist eine Wiederfindungsrate von 1,8 % bis 3,5 %
zu erreichen, was einem Verlust von etwa ein bis zwei Magnituden entspricht. Der
Verlust von mindestens einer Magnitude kann auf die Verwendung des QIAamp ®
DNA Stool Mini Kits zurückgeführt werden, bei dem es nach Aufbereitung von
Kotproben während der Zelllysis bereits zu einem Verlust von Ziel-DNA kommt (LI et
al. 2003). Ähnliche Ergebnisse wurden auch bei der Aufbereitung anderer komplexer
Probenmatrices wie Blut (hier mit dem QIAamp ® DNA Blood Mini Kit) erzielt; hier
betrug die Wiederfindungsrate 5 % für die Ziel-DNA (QUEIPO-ORTUNO et al. 2007).
Die für den eigenen Test ermittelte Wiederfindungsrate liegt damit durchaus in einem
Bereich, der nach dem Stand der Wissenschaft zu erwarten war. Andere Methoden
der Probenaufbereitung wurden nicht überprüft, weil das QIAamp ® DNA Stool Mini
Kit in einer vergleichenden Untersuchung mit drei unterschiedlichen Verfahren die
höchste Effektivität zur DNA-Exktration aus Kotproben gezeigt hat (MCORIST et al.
2002).
5.1.8 Diagnostische Sensitivität und Spezifität
Die diagnostische Sensitivität und Spezifität der real-time PCR wurde anhand eines
Vergleiches von Ergebnissen aus einer multiplex-PCR zum Nachweis spezifischer
Genomfragmente von L. intracellularis, B. hyodysenteriae und B. pilosicoli berechnet
(NATHUES 2007). Insgesamt wurden 300 Proben mit der real-time PCR untersucht,
die vorab mit der multiplex-PCR zu 50 % positiv resp. negativ für Genomfragmente
von L. intracellularis beurteilt worden waren. Die Proben stammten aus
Einsendungen zur Routinediagnostik. In der real-time PCR konnten in 81,7 % der
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