Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5 Ergebnisse
195-Bindungen thermodynamisch stabiler (∆G miR−195 = -23,9 kcal/mol bzw. -21,6 kcal/mol
vs. ∆G miR−135a = -16,5 kcal/mol und -17,1 kcal/mol).
5.6.3 Sekundärstrukturvorhersage
Für die rs9818870 MRAS 3’-UTR-Varianten C und U wurden umfangreiche Sekundärstrukturvorhersagen
durchgeführt. Die mittels mfold berechneten Strukturen wurden an der SNP-
Position und in den Bereichen der miRNA Bindestellen für die miR-195 und die miR-135
verglichen (siehe Abb. 5.22). In der folgenden Tabelle sind zunächst die Ergebnisse der
Strukturanalyse der SNP-Region aufgeführt.
Tabelle 5.11: Ergebnisse der MRAS Sekundärstrukturvorhersage für die SNP-Position.
Struktur an SNP Position MRAS C MRAS U
gepaart 95 150
ungepaart 55 0
Summe analysierter Strukturen 150 150
Strukturkontext des SNP
Stem 93 137
Loop 52 0
Bulge 3 0
Basenpaar vor Loop 0 12
Basenpaar vor Junction 0 1
Junction 2 0
Die Sekundärstrukturenvorhersage weist Unterschiede zwischen den beiden MRAS-Varianten
an der SNP-Position auf. Ein Vergleich zwischen dem gepaarten und ungepaarten
Auftreten der SNP-Position verdeutlicht, dass diese innerhalb der MRAS 3’-UTR U-Variante
grundsätzlich gepaart vorliegt. Innerhalb der MRAS 3’-UTR C-Variante hingegen wurde
die SNP-Position zu etwa einem Drittel in einem ungepaarten Strukturelement beobachtet.
Die Auflistung der detaillierten Strukturelemente zeigt zudem, dass ausgenommen der
Stem-Struktur alle anderen beobachteten Elemente spezifisch für jeweils eine der MRAS-
Varianten sind.
Da der SNP nicht innerhalb einer miRNA Bindestelle lokalisiert ist, wurde die MRAS
3’-UTR Sekundärstruktur des Weiteren auf mögliche mit dem SNP einhergehende strukturelle
Änderungen in den miR-195 und miR-135 Bindestellen untersucht. Dies erfolgte anhand
einer vergleichenden Analyse von jeweils 110 Strukturen für zwei dem SNP am nächsten
liegenden Bindestellen sowie von je 50 Strukturen für die verbleibenden Bindestellen. Die
Ergebnisse sind in der Tab. 5.12 zusammengefasst.
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