Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

A Anhang
mismatch
mimic
keine perfekte Watson-Crick Basenpaarung
Imitator, Mime
A.5 Abbildungsverzeichnis
2.1 Fluss der Genexpression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
2.2 GWAS-Prinzip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.3 Schema der miRNA- und siRNA-vermittelten Regulation der Genexpression . 9
2.4 Modulation der miRNA-Regulation durch miRNA mimics und Inhibitoren . . . 10
2.5 Mögliche Änderungen der Genexpression durch miR-SNPs . . . . . . . . . . 12
3.1 Verwendete Luciferase Reportergen-Vektoren . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
4.1 Schematischer Ablauf der Mutagenese-PCR . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
4.2 Schematischer Ablauf des RNA-Strukturprobings . . . . . . . . . . . . . . . . 48
4.3 Schematische Darstellung des RNA-RNA-Annealings . . . . . . . . . . . . . 50
4.4 Schematische Darstellung der systematischen RNA-Sekundärstrukturanalyse
mittels mfold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
5.1 Lokalisation des SNPs rs5186 innerhalb der miR-155 Bindestelle in der
AGTR1 mRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
5.2 Lokale Bindungsenergien zwischen AGTR1 rs5186- und miR-155-Varianten . 60
5.3 AGTR1 Luciferase-Reporter-Transkript der AGTR1 miR-155 Bindestelle . . . 61
5.4 AGTR1 Luciferase-Reporter-Transkript der gesamten AGTR1 3’-UTR . . . . 62
5.5 Hemmung der kurzen und langen AGTR1-Reporter durch pre-miR-155 . . . 63
5.6 Hemmung der kurzen und langen AGTR1-Reporter durch die miR-155-Varianten 64
5.7 Komplementaritäten und Bindungsenergien der AGTR1-Varianten mit siAG-
TR1 A und siAGTR1 C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
5.8 Unterschiedliche siRNA-vermittelte Hemmung der kurzen und langen AGTR1-
Reporter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
5.9 Die AGTR1 Strukturvorhersage weist auf Unterschiede zwischen den SNP-
Varianten hin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
5.10 Strukturprobing der AGTR1 in vitro Transkript-Varianten zeigt unterschiedliche
Spaltmuster . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
5.11 Komplexbildung aus AGTR1 3’-UTR und siAGTR1 . . . . . . . . . . . . . . . 72
5.12 RNase-Schnittstellen des AGTR1-siRNA-Komplexes . . . . . . . . . . . . . . 73
5.13 Komplexe aus AGTR1 3’-UTR und siAGTR1 sind vor RNase-Abbau geschützt 74
5.14 Lokalisation des SNPs rs9341070 innerhalb der miR-122 Bindestelle in der
ESR1 mRNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
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