Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5.4 Untersuchungen im ESR1-System
RNase T1
ESR1 C ESR1 U
Pb 2+
ESR1 C ESR1 U
-
-
A
C G T
L
- -
G2185
G2195
G2198
G2216
78
63
G2227
G2237
G2244
43
36
G2255
G2256
C/U 2254
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Abbildung 5.21: Strukturprobing der ESR1-Varianten deutet nicht auf strukturelle Unterschiede hin.
Die ESR1 3’-UTR in vitro Transkripte C und U wurden mittels Pb 2+ oder RNase T1 hydrolysiert und die
Spaltprodukte durch Primer-Extension, denaturierende PAGE und Phosphorimaging detektiert. Das
Gel zeigt links die Ergebnisse der RNase T1-Hydrolyse, in der Mitte die der Sequenzier-Reaktion
des C in vitro Transkripts und rechts die der Pb 2+ induzierten RNA-Spaltung. Die SNP-Position ist mit
„C/U 2254“ bezeichnet.
Sowohl die Ergebnisse der mfold-Analyse als auch des Strukturprobings weisen darauf
hin, dass der innerhalb der ESR1 3’-UTR lokalisierte SNP rs93410706 keinen bzw. nur einen
geringen Einfluss auf die ESR1 Sekundärstruktur hat.
5.4.8 Zusammenfassung und Fazit der ESR1-Analysen
Die Analysen im ESR1-System sollten beantworten, ob der innerhalb der ESR1 3’-UTR und
gleichzeitig in der miR-122 Bindestelle lokalisierte SNP rs9341070 die miR-122-vermittelte
Regulation von ESR1 beeinflusst.
Die Transfektionsexperimente zeigten, dass jeweils die ESR1-Variante stärker von der
seed-matchenden miR-122-Variante gehemmt wird, jedoch keine signifikanten Unterschiede
detektiert werden konnten. Des Weiteren wurden für die miRNA-Regulation keine unterschiedlichen
Repressionsniveaus für die kurzen und langen ESR1-Reporter beobachtet.
Die Vorhersage der ESR1 Sekundärstruktur in Abhängigkeit der rs9341070-Variante wies
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