Mechanistische Analysen zu Krankheits-korrelierten SNPs in ...

5 Ergebnisse
A
Pb 2+
B
C
RNase T1
TCF21 3′-UTR
C
- -
G
A C G T
TCF21 3′-UTR
C
- -
G
A 1045
G 1046
A 1047
A 1048
C 1049
U 1059
U 1060
C 1061
A 1062
U 1063
C 1068
U 1069
C 1072
U 1073
C/G 1058
G 1041
G 1046
G 1053
G 1054
G 1056
C/G 1058
G 1070
D
rs12190287
TCF21 C
TCF21 G
GGCUGAGAACUUCGGUGACUUCAUCCACCUGUCUAU
1040
1050
1060 1070
GGCUGAGAACUUCGGUGAGUUCAUCCACCUGUCUAU
Pb 2+
stark
mittel
schwach
T1
Abbildung 5.48: Strukturprobing der TCF21 3’-UTR-Varianten zeigt unterschiedliche Spaltmuster.
Die TCF21 3’-UTR in vitro Transkripte C und G wurden durch Pb 2+ bzw. RNase T1 hydrolysiert und
die Spaltprodukte durch Primer-Extension mit anschließender denaturierende PAGE detektiert. In (A)
sind die Ergebnisse der Pb 2+ -Hydrolyse, in (B) die der Sequenzier-Reaktion des G in vitro Transkripts
sowie in (C) die der RNase T1-Hydrolyse gezeigt. Die SNP-Position ist mit „C/G 1058“ bezeichnet und
die Lokalisation der miR-224 Bindestelle durch graue Balken angedeutet. In (D) sind die TCF21 RNA-
Sequenzen mit den beobachteten Spaltstellen annotiert. Oberhalb der jeweiligen Sequenz sind die
Pb 2+ -Spaltstellen (Dreiecke), unterhalb die RNase T1-Spaltstellen (Kreise) gezeigt. Die Stärke der
Hydrolyse drückt sich in der Farbtiefe der Symbole aus (weiß = schwach, grau = mittel und schwarz
= stark). Die SNP-Position ist durch rs12190287 gekennzeichnet. Die miR-224 Bindestelle ist grau
hinterlegt.
Strukturprobing mit verkürzten TCF21 in vitro Transkripten
Der folgende Versuch diente der Beantwortung der Frage, ob die Sekundärstruktur-Unterschiede
der TCF21 3’-UTR-Varianten auch unter Verwendung verkürzter TCF21 Sequenz-
Ausschnitte detektiert werden können. Dies kann zudem auf eine ähnliche Faltung der RNAs
in der Region um den SNP hinweisen. Das Strukturprobing mit den verkürzten in vitro Transkripten
erfolgte in Analogie zu den Versuchen mit Gesamtlänge TCF21 3’-UTR in vitro Transkripten.
Die Ergebnisse sind in der Abb. 5.49 gezeigt.
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